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万見
- PDB-2b4w: Hypothetical protein from leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4w
タイトルHypothetical protein from leishmania major
要素hypothetical protein, conserved
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性Mannosyltransferase/phosphorylase 1-like, Leishmania / Protein of unknown function (DUF1861) / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta / Glycosyl hydrolase-like protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Hypothetical protein from leishmania major
著者: Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein, conserved


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2251
ポリマ－35,2251
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.4, 97.4, 113.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein, conserved


分子量: 35225.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF10.1260 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q4QH86
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 277 K / pH: 9
詳細: 0.4 ul protein 10.7 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer 100mM KH2PO4, 18% PEG PEG 4000,100 mM TAPS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 9.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97941, 0.97962, 0.95372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979411
20.979621
30.953721
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 28075 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / % possible all: 30.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.979417.2-16
13 wavelength20.97967.6-13.5
13 wavelength30.95373.2-3.2
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se15.3990.1010.4740.3330.186
2Se10.8640.0230.2610.0990.18
3Se26.8240.1260.0810.0180.175
4Se600.1580.2560.1360.328
5Se44.3230.0190.6470.3320.157
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0 / 反射: 30111 / Reflection acentric: 30111 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
5.5-30.6960.960.9613001300
3.4-5.50.960.9640414041
2.7-3.40.90.950925092
2.4-2.70.790.7951475147
2.1-2.40.430.4391389138
1.9-2.10.180.1853935393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX精密化
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→50 Å / Num. parameters: 9752 / Num. restraintsaints: 9384 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: TWINNED CRYSTAL REFINED IN SHELXL WITH "TWIN 0 1 0 1 0 0 0 0 -1" REFINED TWIN FRACTION "BASF"=0.39426
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 1423 5.3 %RANDOM
all0.1317 26652 --
obs0.135 -94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2166 / Occupancy sum non hydrogen: 2437
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 0 185 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0289
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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