PDB-2b4q: Pseudomonas aeruginosa RhlG/NADP active-site complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b4q

タイトル

Pseudomonas aeruginosa RhlG/NADP active-site complex

要素

Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pseudomonas aeruginosa / RhlG-NADP complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholate 7-alpha-dehydrogenase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD (crystal 2) followed by molecular replacement (crystal 1) / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Miller, D.J. / White, S.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of RhlG, an Essential beta-Ketoacyl Reductase in the Rhamnolipid Biosynthetic Pathway of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Miller, D.J. / Zhang, Y.-M. / Rock, C.O. / White, S.W.

履歴

登録	2005年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b4q.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b4q.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b4q_validation.pdf.gz	791.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b4q_full_validation.pdf.gz	800.1 KB	表示
XML形式データ	2b4q_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	2b4q_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/2b4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/2b4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fph-2 4lv5-3 5fph-3 1tq6-d 3qwf-2 5thk-2 3ri3-d 6i6f-d 4md0-d 2e5w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

A: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.138, 142.610, 95.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Rhamnolipids biosynthesis 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase 分子量: 29027.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: rhlG / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9RPT1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.3 M Ammonium Sulfate, 12 % PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	170	1
2	170	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-BM	1	0.97625
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97926

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2005年3月24日	Si-220
MARRESEARCH	2	CCD	2005年6月16日	Si-220

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si-220	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si-220	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.97926	1

反射

解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 22609 / Num. obs: 22417 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS	(CRYSTAL 2)	位相決定
AMoRE	(CRYSTAL 1)	位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法: SAD (crystal 2) followed by molecular replacement (crystal 1)
解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 7.157 / SU ML: 0.181 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	1137	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
all	0.214	21164	-	-
obs	0.214	20910	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3697	0	48	180	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.98	5175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.473	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.026	23.02	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.007	15	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.281	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.601	1.5	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	2	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.113	3	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.827	4.5	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	84	-
R_work	0.218	1522	-
obs	-	-	98.35 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	nap.par	nap.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)