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- PDB-2b4n: Solution Structure of Glucose-Dependent Insulinotropic Polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4n
タイトルSolution Structure of Glucose-Dependent Insulinotropic Polypeptide
要素Gastric inhibitory polypeptide
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / GIP / MOLECULAR MODELLING / HELIX / DIABETES / OBESITY / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gastric inhibitory polypeptide receptor binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / glucagon receptor binding / regulation of fatty acid biosynthetic process / endocrine pancreas development / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to starvation / exploration behavior / response to glucose / sensory perception of pain ...gastric inhibitory polypeptide receptor binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / glucagon receptor binding / regulation of fatty acid biosynthetic process / endocrine pancreas development / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to starvation / exploration behavior / response to glucose / sensory perception of pain / regulation of insulin secretion / adult locomotory behavior / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / memory / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / endoplasmic reticulum lumen / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #590 / Gastric inhibitory polypeptide / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Gastric inhibitory polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, CONJUGATE-GRADIENT MINIMISATION, POWELL MINIMISATION
データ登録者Alana, I. / Hewage, C.M. / O'Harte, F.P.M. / Malthouse, J.P.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: NMR and alanine scan studies of glucose-dependent insulinotropic polypeptide in water.
著者: Alana, I. / Parker, J.C. / Gault, V.A. / Flatt, P.R. / O'harte, F.P. / Malthouse, J.P. / Hewage, C.M.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gastric inhibitory polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9911
ポリマ－4,9911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Gastric inhibitory polypeptide / GIP / Glucose-dependent insulinotropic polypeptide


分子量: 4990.586 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 52-93 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09681

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2mM GIP, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 3.3 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5BRUKERcollection
XwinNMR3.5BRUKER解析
Sparky3.11GODDARD AND KNELLERデータ解析
CYANA1.0.6GUENTERT構造決定
SYBYL6.81精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, CONJUGATE-GRADIENT MINIMISATION, POWELL MINIMISATION
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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