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- PDB-2b4m: Crystal structure of the binding protein OpuAC in complex with pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4m
タイトルCrystal structure of the binding protein OpuAC in complex with proline betaine
要素Glycine betaine-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / substrate-binding protein / closed liganded / ABC-transporter / compatible solutes
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane raft
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / Glycine betaine-binding protein OpuAC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Horn, C. / Sohn-Boesser, L. / Breed, J. / Welte, W. / Schmitt, L. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular Determinants for Substrate Specificity of the Ligand-binding Protein OpuAC from Bacillus subtilis for the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine.
著者: Horn, C. / Sohn-Boesser, L. / Breed, J. / Welte, W. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine-binding protein
B: Glycine betaine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8504
ポリマ－59,5622
非ポリマー2882
水00
1
A: Glycine betaine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9252
ポリマ－29,7811
非ポリマー1441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycine betaine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9252
ポリマ－29,7811
非ポリマー1441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.562, 28.318, 102.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 272 / Label seq-ID: 5 - 268

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Glycine betaine-binding protein


分子量: 29780.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: opuAC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46922
#2: 化合物 ChemComp-PBE / 1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / PROLINE BETAINE / (S)-2-カルボキシ-1,1-ジメチルピロリジニウム


分子量: 144.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: Tris, ammonium acetate, PEG 4000, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 274K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 13067 / Num. obs: 10846 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 369 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 70.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B4L

2b4l


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 47.945 / SU ML: 0.405 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28302 546 5 %RANDOM
Rwork0.23056 ---
all0.23322 13067 --
obs-10300 82.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å25.49 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 20 0 4142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9475702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7595526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.52225.926162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.14315770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.138156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21807
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2261.52704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.37824242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54931771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9194.51460
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2053 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.020.05
tight thermal0.040.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.41 25
Rwork0.369 671
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67780.62950.70751.16620.20230.95940.01320.1177-0.0278-0.0270.0321-0.0972-0.01550.071-0.04530.28290.0282-0.10860.1465-0.00260.133326.9030.0377.121
21.4809-0.30981.11931.5881-0.39552.21040.096-0.2940.02790.0598-0.0501-0.16860.0410.1448-0.04590.1903-0.0293-0.0970.33730.01050.17514.7697.45146.719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 2725 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 2725 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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