[日本語] English
万見
- PDB-2b4g: dihydroorotate dehydrogenase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4g
タイトルdihydroorotate dehydrogenase
要素dihydroorotate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / glycosome / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel ...Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Characterization of Trypanosoma brucei dihydroorotate dehydrogenase as a possible drug target; structural, kinetic and RNAi studies
著者: Arakaki, T.L. / Buckner, F.S. / Gillespie, J.R. / Malmquist, N.A. / Phillips, M.A. / Kalyuzhniy, O. / Luft, J.R. / Detitta, G.T. / Verlinde, C.L. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2005年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Author states that electron density shows that residue 115 is definitely not an ALA. This ...SEQUENCE Author states that electron density shows that residue 115 is definitely not an ALA. This residue was modeled as a Val and it fits well with the electron density.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: dihydroorotate dehydrogenase
B: dihydroorotate dehydrogenase
C: dihydroorotate dehydrogenase
D: dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,59227
ポリマ－137,8954
非ポリマー3,69723
水11,494638
1
A: dihydroorotate dehydrogenase
B: dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,83614
ポリマ－68,9472
非ポリマー1,88812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
C: dihydroorotate dehydrogenase
D: dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,75613
ポリマ－68,9472
非ポリマー1,80911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.605, 162.630, 163.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
dihydroorotate dehydrogenase


分子量: 34473.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.5.3830 / プラスミド: PET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57U83, EC: 1.3.99.11

-
非ポリマー , 5種, 661分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.4 ul protein 14.1 mg/ml 0.4 ul crystallization buffer, 40% PEG 1000, 0.1M Na Citrate, 0.1M KBr, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→163 Å / Num. obs: 76097 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID
1.95-2.060.4281.80.4281
2.06-2.180.2962.60.2961
2.18-2.330.2453.10.2451
2.33-2.520.2023.70.2021
2.52-2.760.154.90.151
2.76-3.080.1126.30.1121
3.08-3.560.0827.90.0821
3.56-4.360.0669.10.0661
4.36-6.170.06490.0641
6.17-20.880.0598.30.0591

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
REFMACrefmac_5.2.0005 24/04/2001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB accession code 1JUE

1jue


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.562 / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24243 3814 5 %RANDOM
Rwork0.18894 ---
obs0.1916 72158 96 %-
all-75972 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9572 0 203 638 10413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3262.00613669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837321409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25551272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52124.36406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.928151679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8861546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.29286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.24908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.25186
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2590.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7141.58063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1271.52565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.821210093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49534574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2564.53563
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 192 -
Rwork0.265 4224 -
obs--76.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る