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- PDB-2b4c: Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4c
タイトルCrystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody
要素
  • (anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 ...) x 2
  • T-cell surface glycoprotein CD4
  • envelope glycoprotein
キーワードViral protein/Immune system / HIV-1 / gp120 / JRFL / V3 / X5 / CD4 induced antibody / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of establishment of T cell polarity / T cell activation / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / host cell endosome membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / transmembrane signaling receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of T cell activation / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of viral entry into host cell / early endosome / viral protein processing / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / immune response / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / protein kinase binding / apoptotic process / enzyme binding / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylitol / : / T-cell surface glycoprotein CD4 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Huang, C. / Tang, M. / Zhang, M.Y. / Majeed, S. / Montabana, E. / Stanfield, R.L. / Dimitrov, D.S. / Korber, B. / Sodroski, J. / Wilson, I.A. ...Huang, C. / Tang, M. / Zhang, M.Y. / Majeed, S. / Montabana, E. / Stanfield, R.L. / Dimitrov, D.S. / Korber, B. / Sodroski, J. / Wilson, I.A. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of a V3-containing HIV-1 gp120 core.
著者: Huang, C.C. / Tang, M. / Zhang, M.Y. / Majeed, S. / Montabana, E. / Stanfield, R.L. / Dimitrov, D.S. / Korber, B. / Sodroski, J. / Wilson, I.A. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2005年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: envelope glycoprotein
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
H: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,80916
ポリマ－106,8414
非ポリマー1,96812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: envelope glycoprotein
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
H: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
ヘテロ分子

G: envelope glycoprotein
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
H: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
ヘテロ分子

G: envelope glycoprotein
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
H: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
ヘテロ分子

G: envelope glycoprotein
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
H: anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,23564
ポリマ－427,36416
非ポリマー7,87148
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_558-x,-x+y,-z+31
crystal symmetry operation12_548x,x-y-1,-z+31
Buried area56930 Å2
ΔGint-437 kcal/mol
Surface area173700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)225.993, 225.993, 97.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-5-

SO4

21H-222-

SO4

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 GC

#1: タンパク質 envelope glycoprotein


分子量: 38452.652 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE with V3 / 変異: N301Q, T389A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 1465781, UniProt: Q75760*PLUS
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 20129.896 Da / 分子数: 1 / 断片: D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01730

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain


分子量: 23267.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain


分子量: 24990.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 3種, 7分子

#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O5

-
非ポリマー , 1種, 5分子

#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
放射モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 19372 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 20.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RHH AND 1RZK

1rhh

1rzk


解像度: 3.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 8776198.43 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.349 1920 9.9 %RANDOM
Rwork0.319 ---
obs0.319 19364 86.2 %-
all-22571 --
原子変位パラメータBiso mean: 126.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.12 Å219.38 Å20 Å2
2--11.12 Å20 Å2
3----22.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.68 Å0.61 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.97 Å0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7396 0 121 0 7517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 110 10.6 %
Rwork0.415 927 -
obs--28.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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