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- PDB-2b46: Crystal structure of an engineered uninhibited Bacillus subtilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b46
タイトルCrystal structure of an engineered uninhibited Bacillus subtilis xylanase in substrate bound state
要素Endo-1,4-beta-xylanase A
キーワードHYDROLASE / beta-jelly roll structure
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.215 Å
データ登録者Sansen, S. / Dewilde, M. / De Ranter, C.J. / Sorensen, J.F. / Sibbesen, O. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Triticum xylanse inhibitor-I in complex with bacillus subtilis xylanase
著者: Sansen, S. / Dewilde, M. / De Ranter, C.J. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.
履歴
登録2005年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / software / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6672
ポリマ－20,3851
非ポリマー2821
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.653, 60.653, 95.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase A / E.C.3.2.1.8 / Xylanase A / 1 / 4- beta-D-xylan xylanohydrolase A


分子量: 20384.959 Da / 分子数: 1 / 変異: D11F/R122D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: xynA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.215→52.7 Å / Num. all: 9850 / Num. obs: 8893 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 1.41 / Observed criterion σ(I): 0.7
反射 シェル解像度: 2.215→2.3 Å / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.215→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.036 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19839 968 9.8 %RANDOM
Rwork0.16867 ---
all0.17157 8903 --
obs0.17157 8903 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.39 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.215→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 0 19 75 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.8872080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78232786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5845184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3170.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3810.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5611.5906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07521456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8043610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7524.5624
LS精密化 シェル解像度: 2.215→2.273 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.349 70
Rwork0.326 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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