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- PDB-2b3x: Structure of an orthorhombic crystal form of human cytosolic acon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b3x
タイトルStructure of an orthorhombic crystal form of human cytosolic aconitase (IRP1)
要素Iron-responsive element binding protein 1
キーワードLYASE / IRP1 IRE-IRP1 aconitase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / citrate metabolic process / response to iron(II) ion / intestinal absorption / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / post-embryonic development / Iron uptake and transport ...aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / citrate metabolic process / response to iron(II) ion / intestinal absorption / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / post-embryonic development / Iron uptake and transport / regulation of translation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein Cii; Chain: A; / Apolipoprotein Cii; Chain: A; - #10 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / Aconitase; Domain 2 / Aconitase, Domain 2 / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 ...Apolipoprotein Cii; Chain: A; / Apolipoprotein Cii; Chain: A; - #10 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / Aconitase; Domain 2 / Aconitase, Domain 2 / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Cytoplasmic aconitate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Dupuy, J. / Fontecilla-Camps, J.C. / Volbeda, A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human iron regulatory protein 1 as cytosolic aconitase
著者: Dupuy, J. / Volbeda, A. / Carpentier, P. / Darnault, C. / Moulis, J.M. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Data For the Aconitase Form of Human Iron Regulatory Protein 1
著者: Dupuy, J. / DARNAULT, C. / BRAZZOLOTTO, X. / KUHN, L.C. / MOULIS, J.M. / Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2005年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-responsive element binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8544
ポリマ－98,3741
非ポリマー4793
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.352, 103.307, 225.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Iron-responsive element binding protein 1 / IRE-BP 1 / Iron regulatory protein 1 / IRP1 / Ferritin repressor protein / Aconitate hydratase / ...IRE-BP 1 / Iron regulatory protein 1 / IRP1 / Ferritin repressor protein / Aconitate hydratase / Citrate hydro-lyase / Aconitase


分子量: 98374.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38/pGP1-2 / 参照: UniProt: P21399, aconitate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.741, 1.739, 1.283
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7411
21.7391
31.2831
反射解像度: 2.54→113.23 Å / Num. all: 28614 / Num. obs: 28614 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.54→113.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 9.681 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1435 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.183 ---
obs-27179 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→113.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6928 0 13 168 7109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9529605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8225885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00524.235307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.273151165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2551539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.23133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24848
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.97624523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40937157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41432838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.07942436
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 37 -
Rwork0.308 1221 -
all-1258 -
obs--58.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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