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- PDB-2b2a: Crystal Structure of the TEN domain of the Telomerase Reverse Tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b2a
タイトルCrystal Structure of the TEN domain of the Telomerase Reverse Transcriptase
要素Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE / Telomerase / TERT / Reverse Transcriptase / RT
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, TEN domain / Telomerase reverse transcriptase, CTE domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Jacobs, S.A. / Podell, E.R. / Cech, T.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the essential N-terminal domain of telomerase reverse transcriptase.
著者: Jacobs, S.A. / Podell, E.R. / Cech, T.R.
履歴
登録2005年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: Telomerase reverse transcriptase
C: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8653
ポリマ－70,8653
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6221
ポリマ－23,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6221
ポリマ－23,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Telomerase reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6221
ポリマ－23,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.100, 111.100, 42.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit / Telomerase subunit P133


分子量: 23621.818 Da / 分子数: 3 / 断片: TEN domain / 変異: L87M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TERT / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O77448, RNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000 MMe, Magnesium Nitrate hexahydrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.000, 0.953725, 0.97957, 0.97976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月17日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9537251
30.979571
40.979761
反射解像度: 2.22→500 Å / Num. all: 28712 / Num. obs: 28712 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 4.55 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2811 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.22→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 123680.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2711 9.9 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.238 27290 --
obs0.238 27290 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.0637 Å2 / ksol: 0.345341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.91 Å26.04 Å20 Å2
2--3.91 Å20 Å2
3----7.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 0 96 4048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 417 10.1 %
Rwork0.307 3712 -
obs-3712 86.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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