PDB-2b1h: Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b1h

タイトル

Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex with UG29 peptide

要素

Fab 2219, heavy chain
Fab 2219, light chain
UG29 peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab-peptide complex / HIV-1 / gp120 / v3 loop

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) neutralizing antibody 2219 in complex with three different V3 peptides reveal a new binding mode for HIV-1 cross-reactivity.
著者: Stanfield, R.L. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2005年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b1h.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b1h.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b1h_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b1h_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	2b1h_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	2b1h_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b0sSC 2b1aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mls-1 3ujj-d 3mls-4 3ghe-d 2b1a-d 6umi-d 6vbq-4 3mls-2 3aqk-d 1tji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab 2219, light chain

H: Fab 2219, heavy chain

P: UG29 peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120

49.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.899, 94.501, 96.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab 2219, light chain 分子量: 22949.303 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: peripheral blood cells / 器官: blood
#2: 抗体	Fab 2219, heavy chain 分子量: 24155.715 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: peripheral blood cells / 器官: blood
#3: タンパク質・ペプチド	UG29 peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120 / gp120 分子量: 2596.017 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 96-118 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs in Human immunodeficiency virus type 1 (isolate MN) 参照: GenBank: 50982993
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% MPEG 5000, 0.2M disodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→67.42 Å / Num. all: 39609 / Num. obs: 39609 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.6 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1963 / R_sym value: 0.612 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B0S

2b0s

解像度: 2→67.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 9.471 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23837	1982	5 %	RANDOM
R_work	0.20473	-	-	-
all	0.20646	37576	-	-
obs	0.20646	37576	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.055 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→67.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3449	0	0	123	3572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.952	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3.003	5822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.348	5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.917	24.286	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.336	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.231	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.233	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.099	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.215	1.5	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.27	1.5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.495	2	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.38	3	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.235	4.5	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	134	-
R_work	0.327	2775	-
obs	-	2775	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.839	0.8994	0.2182	3.1306	0.6901	6.9399	-0.1223	0.6768	0.6461	-0.3015	0.3361	0.1283	-0.7011	-0.1956	-0.2138	-0.0704	-0.0359	-0.0188	-0.052	0.1572	-0.0071	57.3896	46.3727	78.5174
2	6.7455	4.6591	-1.3587	6.2328	-1.6404	4.5921	-0.1174	0.5675	0.6975	-0.347	0.2837	0.9429	0.0852	-0.3176	-0.1662	0.0049	0.0078	-0.1387	-0.1394	0.0712	0.0526	34.0907	28.1821	61.1943
3	3.4381	1.5942	0.3559	2.5116	0.2564	1.6626	-0.0658	-0.018	0.3638	0.0497	0.0312	0.067	-0.2094	-0.0325	0.0347	-0.2411	0.0341	0.0102	-0.207	-0.0055	-0.183	55.8019	33.53	94.0439
4	5.9761	1.3945	-0.6579	2.783	1.0753	14.9028	-0.3554	1.1684	-0.4696	-0.8284	0.1739	0.1468	1.2865	-0.4126	0.1815	0.3188	-0.0672	-0.047	-0.0676	-0.1427	-0.0487	37.7534	12.2893	60.2558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 107	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	A	108 - 212	114 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	B	1 - 113	1 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	3	P	C	303 - 320	3 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	4	H	B	114 - 229	125 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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