PDB-2b1b: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3' Zif268 binding site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b1b

タイトル

5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3' Zif268 binding site

要素

5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

キーワード

DNA / sequence dependent DNA deformation / A form DNA / protein-DNA recognition

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Berman, H.M. / Napoli, A.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Signatures of protein-DNA recognition in free DNA binding sites.
著者: Locasale, J.W. / Napoli, A.A. / Chen, S. / Berman, H.M. / Lawson, C.L.

履歴

登録	2005年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b1b.cif.gz	21.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b1b.ent.gz	13.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hq7C 2b1cC 2b1dC 401dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	348d-1 1wv5-d 2b1c-d 395d-1 220d-1 1d13-1 327d-1 1i0j-d 396d-1 411d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*C)-3'

B: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

ヘテロ分子

6.12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.258, 38.258, 78.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: DNA鎖	5'-D(GPCPGPTPGPGPGPCPAPC)-3' 分子量: 3086.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	5'-D(GPTPGPCPCPCPAPCPGPC)-3' 分子量: 3005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %

結晶化

温度: 295 K / pH: 5.5
詳細: MPD, sodium cacodylate, cobalt hexamine, sodium chloride, potassium chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K, pH 5.50

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	sodium cacodylate	1	1
3	cobalt hexamine	1	1
4	sodium chloride	1	1
5	potassium chloride	1	1
6	H2O	1	1
7	MPD	1	2
8	sodium cacodylate	1	2
9	cobalt hexamine	1	2
10	sodium chloride	1	2
11	potassium chloride	1	2
12	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.0067
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0067 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 2907 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 42.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 80.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	10 Å
Translation	3 Å	12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 401D

401d

解像度: 1.9→19.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	273	9.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.212	2905	96.9 %	-
all	-	2907	-	-

溶媒の処理

B_sol: 127.83 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.218 Å²	-9.383 Å²	0 Å²
2-	-	-1.218 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.435 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.58 Å	0.38 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	404	1	29	434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.79
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	9.95
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.91
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	19	10 %
R_work	0.35	204	-
obs	-	-	72.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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