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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b0k | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the DB921-D(CGCGAATTCGCG)2 complex. | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / NUCLEIC ACIDS / DOUBLE HELIX / MINOR GROOVE / DNA MINOR GROOVE BINDER / DNA MINOR GROOVE-LIGAND COMPLEX / DB921 / A2T2 / DICKERSON AND DREW DNA / CRYSTAL STRUCTURE OF B-DNA / DNA-DRUG COMPLEX / MAGNESIUM-WATER COMPLEX / HYDRATED MAGNESIUM / DNA HYDRATION. | 機能・相同性 | Chem-D2A / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Miao, Y. / Lee, M.P. / Parkinson, G.N. / Batista-Parra, A. / Ismail, M.A. / Neidle, S. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. | ![]() ![]() タイトル: Out-of-Shape DNA Minor Groove Binders: Induced Fit Interactions of Heterocyclic Dications with the DNA Minor Groove. 著者: Miao, Y. / Lee, M.P. / Parkinson, G.N. / Batista-Parra, A. / Ismail, M.A. / Neidle, S. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 596.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 596.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2dbeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AT-RICH REGION IN THE GENOME OF ORGANISMS. #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-D2A / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: MAGNESIUM CHLORIDE, DNA, COMPOUND DB921, MPD, SODIUM CACODYLATE BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: OSMIC FOCUSING MIRROR SYSTEM |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→25 Å / Num. obs: 8055 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 36.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 6.43 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DNA PART OF NDB ENTRY GDL009 OR PDB ENTRY 2DBE 解像度: 1.64→8 Å / Num. parameters: 2399 / Num. restraintsaints: 2543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE. ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 596 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→8 Å
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拘束条件 |
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