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- PDB-2azn: X-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2azn
タイトルX-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone 5-phosphate reductase
要素Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / riboflavin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine 1-reductase, archaeal / Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MA5 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chatwell, L. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M. / Krojer, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Biosynthesis of riboflavin: structure and properties of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase of Methanocaldococcus jannaschii
著者: Chatwell, L. / Krojer, T. / Fidler, A. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
履歴
登録2005年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
B: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
C: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
D: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
E: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
F: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,88422
ポリマ－148,3276
非ポリマー8,55716
水4,864270
1
A: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9173
ポリマ－24,7211
非ポリマー1,1962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6085
ポリマ－24,7211
非ポリマー1,8874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3704
ポリマ－24,7211
非ポリマー1,6483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9173
ポリマ－24,7211
非ポリマー1,1962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4652
ポリマ－24,7211
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6085
ポリマ－24,7211
非ポリマー1,8874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
C: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子

F: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9779
ポリマ－49,4422
非ポリマー3,5357
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
8
D: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子

E: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3825
ポリマ－49,4422
非ポリマー1,9393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z+1/41
Buried area7280 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
9
A: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子

B: Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5258
ポリマ－49,4422
非ポリマー3,0836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-y-1/2,x-1/2,z-1/41
Buried area7050 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.171, 137.171, 213.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase / HTP reductase


分子量: 24721.162 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 6-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58085, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
#2: 化合物
ChemComp-MA5 / 2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / CYCLOHEXYLETHYL-BETA-D-MALTOSIDE / 2-シクロヘキシルエチルβ-マルトシド


分子量: 452.493 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O11
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.006, 1.009, 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0061
21.0091
30.951
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 134041

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 1.3
Rfactor反射数
Rfree0.253 6681
Rwork0.23 -
obs0.23 56776
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10260 0 560 270 11090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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