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- PDB-2ay9: AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 5-PHENYLVALERIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ay9
タイトルAROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 5-PHENYLVALERIC ACID
要素AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
キーワードAMINOTRANSFERASE (アミノ基転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic-amino-acid transaminase / L-phenylalanine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / aspartate catabolic process / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-PHENYLVALERIC ACID / ピリドキサールリン酸 / Aromatic-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Okamoto, A. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The active site of Paracoccus denitrificans aromatic amino acid aminotransferase has contrary properties: flexibility and rigidity.
著者: Okamoto, A. / Ishii, S. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structures of Paracoccus Denitrificans Aromatic Amino Acid Aminotransferase: A Substrate Recognition Site Constructed by Rearrangement of Hydrogen Bond Network
著者: Okamoto, A. / Nakai, Y. / Hayashi, H. / Hirotsu, K. / Kagamiyama, H.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1997
タイトル: Paracoccus Denitrificans Aromatic Amino Acid Aminotransferase: A Model Enzyme for the Study of Dual Substrate Recognition Mechanism
著者: Oue, S. / Okamoto, A. / Nakai, Y. / Nakahira, M. / Shibatani, T. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H.
履歴
登録1998年8月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4116
ポリマ－85,5602
非ポリマー8514
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.780, 120.940, 54.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.957302, 0.102264, -0.270397), (0.146618, -0.634369, -0.758999), (-0.24915, -0.766236, 0.592289)
ベクター: 188.66, 39.9097, 49.7409)

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要素

#1: タンパク質 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE / AROAT


分子量: 42779.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: IFO 12442 / プラスミド: PUC118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TY103 / 参照: UniProt: P95468, aromatic-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-5PV / 5-PHENYLVALERIC ACID / 5-フェニル吉草酸


分子量: 178.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE ...THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TRADITIONALLY USED IN ALL PUBLICATIONS CONCERNING ASPARTATE AMINOTRANSFERASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: micro-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
124.0 %(w/v)PEG40001reservoir
20.2 Msodium maleate1reservoir
35 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 28356 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 60.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 93
反射
*PLUS
Num. measured all: 84921
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
PROCESS(RIGAKU)データ削減
PROCESS(RIGAKU)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AY8

1ay8


解像度: 2.5→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2334 9.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 23545 87.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5941 0 56 188 6185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.791.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.062
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 326 9.8 %
Rwork0.24 2994 -
obs--74.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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