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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2axo | ||||||
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タイトル | X-Ray Crystal Structure of Protein AGR_C_4864 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium Target AtR35. | ||||||
![]() | hypothetical protein Atu2684 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / alpha beta protein. / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1223 / Protein of unknown function (DUF1223) / Thioredoxin-like superfamily / Uncharacterized protein / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forouhar, F. / Abashidze, M. / Benach, J. / Xiao, R. / Janjua, H. / Conover, K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein AGR_C_4864 from Agrobacterium tumefaciens, NESG target AtR35 著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Benach, J. / Xiao, R. / Janjua, H. / Conover, K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | possibly dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29822.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: MDK4.6 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris (pH 7.5), 18% PEG 2kMME, 200 mM sodium formate, and 5 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→20 Å / Num. all: 37482 / Num. obs: 37295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1837 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: XtalView and SnB were also used in the refinement and solution of this structure.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.9 Å2 / ksol: 0.36423 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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