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- PDB-2axk: Solution structure of discrepin, a scorpion venom toxin blocking ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2axk
タイトルSolution structure of discrepin, a scorpion venom toxin blocking K+ channels.
要素discrepin
キーワードTOXIN / discrepin / scorpion toxin / A-current / K+-channel
機能・相同性
機能・相同性情報


: / venom-mediated suppression of platelet aggregation / potassium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel toxin alpha-KTx 15.6
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Prochnicka-Chalufour, A. / Corzo, G. / Satake, H. / Martin-Eauclaire, M.-F. / Murgia, A.R. / Prestipino, G. / D'Suze, G. / Possani, L.D. / Delepierre, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Solution structure of discrepin, a new K+-channel blocking peptide from the alpha-KTx15 subfamily.
著者: Prochnicka-Chalufour, A. / Corzo, G. / Satake, H. / Martin-Eauclaire, M.-F. / Murgia, A.R. / Prestipino, G. / D'Suze, G. / Possani, L.D. / Delepierre, M.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2004
タイトル: Discrepin, a new peptide of the sub-family alpha-ktx15, isolated from the scorpion Tityus discrepans irreversibly blocks K+-channels (IA currents) of cerebellum granular cells.
著者: D'Suze, G. / Batista, C.V.F. / Frau, A. / Murgia, A.R. / Zamudio, F.Z. / Sevcik, C. / Possani, L.D. / Prestipino, G.
履歴
登録2005年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_assembly ...entity_poly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE No suitable sequence database reference was available at the time of processing this file.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: discrepin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1901
ポリマ－4,1901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy and best secondary structure
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド discrepin


分子量: 4189.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in the venom of scorpion Tityus discrepans.
参照: UniProt: P84777
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222Q-COSY
1312D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM discrepin 10% D2O90% H2O/10% D2O
23 mM discrepin 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 5 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
XEASY3.1Bartels et al.データ解析
ARIA1.2Nilges et al.構造決定
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structures based on total of 565 meaningful distance constraints, 22 dihedral angle constraints and three hydrogen bonds. Three disulfide bridges (8-29, 14-34, 18-36) were also included in caclulation.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and best secondary structure
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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