プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9873 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.61→12.9 Å / Num. obs: 6642
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.1.24
精密化
MAR345
データ収集
XDS
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→12.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 1.209 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2017
338
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.19559
-
-
-
all
0.19589
6627
-
-
obs
0.19589
6304
95.13 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 8.976 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.07 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0.01 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.08 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.61→12.9 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
0
414
0
154
568
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.012
0.021
463
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.002
0.02
198
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
2.534
3
694
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
1.629
3
498
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.13
0.2
62
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.009
0.02
218
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.011
0.02
2
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.331
0.3
122
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.373
0.3
245
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
0.2
0.5
91
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.321
0.5
138
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.091
0.3
1
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
0.195
0.3
33
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.343
0.5
19
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
3.703
2
463
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
4.235
3
690
X-RAY DIFFRACTION
r_rigid_bond_restr
2.856
1
463
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_free
17.014
9
160
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_bonded
4.893
9
414
LS精密化 シェル
解像度: 1.613→1.654 Å / Total num. of bins used: 20 /