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- PDB-2aw2: Crystal structure of the human BTLA-HVEM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aw2
タイトルCrystal structure of the human BTLA-HVEM complex
要素
  • B and T lymphocyte attenuator
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgI domain / IgG domain / TNFRSF / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation ...negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / signaling receptor activity / virus receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / receptor ligand activity / innate immune response / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B- and T-lymphocyte attenuator / Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...B- and T-lymphocyte attenuator / Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulin domain / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / B- and T-lymphocyte attenuator / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Compaan, D.M. / Gonzalez, L.C. / Tom, I. / Loyet, K.M. / Eaton, D. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Attenuating Lymphocyte Activity: the crystal structure of the BTLA-HVEM complex
著者: Compaan, D.M. / Gonzalez, L.C. / Tom, I. / Loyet, K.M. / Eaton, D. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2005年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B and T lymphocyte attenuator
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
X: B and T lymphocyte attenuator
Y: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9567
ポリマ－51,1064
非ポリマー8503
水724
1
A: B and T lymphocyte attenuator
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0364
ポリマ－25,5532
非ポリマー4832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: B and T lymphocyte attenuator
Y: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9203
ポリマ－25,5532
非ポリマー3671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
3
A: B and T lymphocyte attenuator
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子

X: B and T lymphocyte attenuator
Y: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9567
ポリマ－51,1064
非ポリマー8503
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.294, 167.116, 148.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

NI

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21X
12B
22Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSHISHIS6AA34 - 1409 - 115
21CYSCYSHISHIS6XC34 - 1409 - 115
12PROPROTYRTYR4BB2 - 1036 - 107
22PROPROTYRTYR4YD2 - 1036 - 107

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AXBY

#1: タンパク質 B and T lymphocyte attenuator / B and T lymphocyte-associated protein


分子量: 14101.793 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (residues 26-137) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTLA / プラスミド: pSTII.TIR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 33D3 / 参照: UniProt: Q7Z6A9
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 / Herpesvirus entry mediator A / Tumor necrosis factor receptor-like 2 / TR2


分子量: 11451.132 Da / 分子数: 2
断片: truncated extracellular domain contains CRD1, 2 and part of CRD3 (residues 39-142)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF14, HVEA, HVEM / プラスミド: pAcGP67-B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q92956

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0 M NaFormate, 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月8日
放射モノクロメーター: single crystal optically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15639 / Num. obs: 15639 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1543 / Rsym value: 0.455 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1XAU and chain B from 1JMA

1xau

1jma


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 33.204 / SU ML: 0.3 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 1.303 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27838 1686 10.8 %Thin shells
Rwork0.23127 ---
all0.2364 15599 --
obs0.23649 15591 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å20 Å20 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3202 0 53 4 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213358
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0391.9624571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6836659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4745411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26724.014147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71515522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7841518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.22609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.22100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9092.52656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2832.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51853355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5272.51467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.30851216
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
2B1366medium positional0.310.5
1A1554loose positional0.85
2B1366medium thermal0.232
1A1554loose thermal1.3410
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.857 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 24 -
Rwork0.344 875 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7431.66782.71123.01822.63495.63770.0434-0.5259-0.3832-0.0447-0.3120.07330.0753-0.59760.2686-0.19120.07260.0370.03080.049-0.1149-15.9579-0.651527.9524
20.442-1.9518-0.219410.0795-0.60931.8136-0.1128-0.0999-0.26030.30230.04960.19240.54890.26660.0632-0.06550.13560.1176-0.2973-0.0097-0.0777-10.1881-28.025319.8428
36.5801-2.26892.36413.6706-0.66417.09920.04910.53010.3017-0.2892-0.3873-0.2966-0.84980.35860.33820.10460.0218-0.0158-0.11760.0529-0.1265-8.099313.585511.5595
41.8044-2.80410.22810.8031-1.25570.15490.2954-0.03460.4172-0.31320.0441-0.2536-0.13710.0653-0.33950.09340.28840.0575-0.2094-0.0466-0.1616-23.46737.903212.1993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3X34 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4Y2 - 103

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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