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万見
- PDB-2ava: Solution Structure of Stearoyl-Acyl Carrier Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ava
タイトルSolution Structure of Stearoyl-Acyl Carrier Protein
要素Acyl carrier protein I, chloroplast
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / four-helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Acyl carrier protein, chloroplastic / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...Acyl carrier protein, chloroplastic / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Cartesian Dynamics water refinement
データ登録者Zornetzer, G.A. / Fox, B.G. / Markley, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Solution structures of spinach acyl carrier protein with decanoate and stearate
著者: Zornetzer, G.A. / Fox, B.G. / Markley, J.L.
履歴
登録2005年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein has 100% match with the sequence from GB entry CAA31207 (ACP-I ...SEQUENCE The sequence of the protein has 100% match with the sequence from GB entry CAA31207 (ACP-I polypeptide, synthetic construct).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein I, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8451
ポリマ－8,8451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein I, chloroplast / ACP I


分子量: 8844.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACP isoform I from Spinach
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: ACL1.1 / プラスミド: pSACP-2t / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07854

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Backbone phi/psi angle restraints using TALOS: Cornilescu et al. (1999) JBNMR 13: 289-302.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM MES pH 6.1, 100 mM NaCl, 2 mM Protein, 95% H2O/D2O95% H2O/D2O
25 mM MES pH 6.1, 100 mM NaCl, 2 mM Protein, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 287 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX6002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Bruker DMXBrukerDMX5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
VNMR6.1Variancollection
NMRPipe2.3Delaglio, F.解析
Sparky3.111Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
CYANA2Guntert, P構造決定
XPLOR-NIH2.0.6精密化
精密化手法: Torsion Angle Dynamics, Cartesian Dynamics water refinement
ソフトェア番号: 1
詳細: Residues 31 through 39 are disordered in the structure
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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