PDB-2av9: Crystal Structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aerugino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2av9

タイトル

Crystal Structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aeruginosa Strain PAO1.

要素

Thioesterase

キーワード

HYDROLASE / thioesterase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Thioesterase-like superfamily / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chruszcz, M. / Wang, S. / Cymborowski, M. / Kudritska, M. / Evdokimova, E. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2008
タイトル: Function-biased choice of additives for optimization of protein crystallization - the case of the putative thioesterase PA5185 from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Wang, S. / Koclega, K.D. / Zheng, H. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.

履歴

登録	2005年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2av9.cif.gz	315.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2av9.ent.gz	266 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2av9_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2av9_full_validation.pdf.gz	513 KB	表示
XML形式データ	2av9_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2av9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2av9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2o5uC 2o6bC 2o6tC 2o6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o6b-1 2o6t-2 2o6u-1 2o6t-3 2o6t-1 2o5u-2 1bpy-d 5vpj-3 4ikv-d 3tm6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5057

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioesterase

B: Thioesterase

C: Thioesterase

D: Thioesterase

E: Thioesterase

F: Thioesterase

G: Thioesterase

H: Thioesterase

I: Thioesterase

J: Thioesterase

K: Thioesterase

L: Thioesterase

ヘテロ分子

200 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioesterase

B: Thioesterase

D: Thioesterase

E: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.6 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Thioesterase

H: Thioesterase

I: Thioesterase

K: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 4 ポリマー
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3

F: Thioesterase

G: Thioesterase

J: Thioesterase

L: Thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	241.661, 64.384, 117.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	GLU	2	A	A	8 - 50	8 - 50
2	1	1	LEU	GLU	2	G	G	8 - 50	8 - 50
3	1	1	LEU	GLU	2	H	H	8 - 50	8 - 50
4	1	1	LEU	GLU	2	I	I	8 - 50	8 - 50
5	1	1	LEU	GLU	2	L	L	8 - 50	8 - 50
6	2	1	GLU	GLU	2	A	A	60 - 122	60 - 122
7	2	1	GLU	GLU	2	G	G	60 - 122	60 - 122
8	2	1	GLU	GLU	2	H	H	60 - 122	60 - 122
9	2	1	GLU	GLU	2	I	I	60 - 122	60 - 122
10	2	1	GLU	GLU	2	L	L	60 - 122	60 - 122
11	3	1	ARG	GLN	2	A	A	127 - 143	127 - 143
12	3	1	ARG	GLN	2	G	G	127 - 143	127 - 143
13	3	1	ARG	GLN	2	H	H	127 - 143	127 - 143
14	3	1	ARG	GLN	2	I	I	127 - 143	127 - 143
15	3	1	ARG	GLN	2	L	L	127 - 143	127 - 143
1	1	2	LEU	GLU	2	A	A	8 - 50	8 - 50
2	1	2	LEU	GLU	2	E	E	8 - 50	8 - 50
3	1	2	LEU	GLU	2	F	F	8 - 50	8 - 50
4	1	2	LEU	GLU	2	B	B	8 - 50	8 - 50
5	1	2	LEU	GLU	2	C	C	8 - 50	8 - 50
6	1	2	LEU	GLU	2	D	D	8 - 50	8 - 50
7	1	2	LEU	GLU	2	J	J	8 - 50	8 - 50
8	1	2	LEU	GLU	2	K	K	8 - 50	8 - 50
9	2	2	GLU	LEU	2	A	A	60 - 104	60 - 104
10	2	2	GLU	LEU	2	E	E	60 - 104	60 - 104
11	2	2	GLU	LEU	2	F	F	60 - 104	60 - 104
12	2	2	GLU	LEU	2	B	B	60 - 104	60 - 104
13	2	2	GLU	LEU	2	C	C	60 - 104	60 - 104
14	2	2	GLU	LEU	2	D	D	60 - 104	60 - 104
15	2	2	GLU	LEU	2	J	J	60 - 104	60 - 104
16	2	2	GLU	LEU	2	K	K	60 - 104	60 - 104
17	3	2	GLU	GLU	2	A	A	109 - 122	109 - 122
18	3	2	GLU	GLU	2	E	E	109 - 122	109 - 122
19	3	2	GLU	GLU	2	F	F	109 - 122	109 - 122
20	3	2	GLU	GLU	2	B	B	109 - 122	109 - 122
21	3	2	GLU	GLU	2	C	C	109 - 122	109 - 122
22	3	2	GLU	GLU	2	D	D	109 - 122	109 - 122
23	3	2	GLU	GLU	2	J	J	109 - 122	109 - 122
24	3	2	GLU	GLU	2	K	K	109 - 122	109 - 122
25	4	2	ARG	GLN	2	A	A	127 - 143	127 - 143
26	4	2	ARG	GLN	2	E	E	127 - 143	127 - 143
27	4	2	ARG	GLN	2	F	F	127 - 143	127 - 143
28	4	2	ARG	GLN	2	B	B	127 - 143	127 - 143
29	4	2	ARG	GLN	2	C	C	127 - 143	127 - 143
30	4	2	ARG	GLN	2	D	D	127 - 143	127 - 143
31	4	2	ARG	GLN	2	J	J	127 - 143	127 - 143
32	4	2	ARG	GLN	2	K	K	127 - 143	127 - 143
1	1	3	GLU	GLU	1	E	E	50 - 60	50 - 60
2	1	3	GLU	GLU	1	F	F	50 - 60	50 - 60
3	1	3	GLU	GLU	1	B	B	50 - 60	50 - 60
1	1	4	GLU	GLU	1	A	A	50 - 60	50 - 60
2	1	4	GLU	GLU	1	I	I	50 - 60	50 - 60
3	1	4	GLU	GLU	1	J	J	50 - 60	50 - 60
4	1	4	GLU	GLU	1	K	K	50 - 60	50 - 60
5	1	4	GLU	GLU	1	L	L	50 - 60	50 - 60
6	1	4	GLU	GLU	1	C	C	50 - 60	50 - 60
7	1	4	GLU	GLU	1	D	D	50 - 60	50 - 60
8	1	4	GLU	GLU	1	G	G	50 - 60	50 - 60
9	1	4	GLU	GLU	1	H	H	50 - 60	50 - 60

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The most probable biological assembly is a tetramer. Chains C,H, I and K create the tetramer.

#1: タンパク質	Thioesterase 分子量: 16527.473 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9HU04
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 23% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97943, 0.97929, 0.96420

検出器

タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月5日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97943	1
2	0.97929	1
3	0.9642	1

反射

解像度: 2.4→36.94 Å / Num. all: 68671 / Num. obs: 68671 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
SHARP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
SHELXE		モデル構築
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→36.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 18.763 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25334	3473	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20402	-	-	-
obs	0.20653	65081	99.96 %	-
all	-	65081	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.481 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12500	0	75	59	12634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	12897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.939	17611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.622	5	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.869	23.108	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.686	15	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.327	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.992	1.5	8411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.685	2	13138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.408	3	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.835	4.5	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	491	tight positional	0.1	0.05
1	2	G	491	tight positional	0.08	0.05
1	3	H	491	tight positional	0.09	0.05
1	4	I	491	tight positional	0.09	0.05
1	5	L	491	tight positional	0.08	0.05
2	1	A	471	tight positional	0.15	0.05
2	2	E	471	tight positional	0.14	0.05
2	3	F	471	tight positional	0.13	0.05
2	4	B	471	tight positional	0.19	0.05
2	5	C	471	tight positional	0.13	0.05
2	6	D	471	tight positional	0.14	0.05
2	7	J	471	tight positional	0.17	0.05
2	8	K	471	tight positional	0.11	0.05
3	1	E	59	tight positional	0.08	0.05
3	2	F	59	tight positional	0.09	0.05
3	3	B	59	tight positional	0.13	0.05
4	1	A	54	tight positional	0.07	0.05
4	2	I	54	tight positional	0.07	0.05
4	3	J	54	tight positional	0.08	0.05
4	4	K	54	tight positional	0.08	0.05
4	5	L	54	tight positional	0.08	0.05
4	6	C	54	tight positional	0.08	0.05
4	7	D	54	tight positional	0.07	0.05
4	8	G	54	tight positional	0.07	0.05
4	9	H	54	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	387	medium positional	0.4	0.5
1	2	G	387	medium positional	0.39	0.5
1	3	H	387	medium positional	0.39	0.5
1	4	I	387	medium positional	0.37	0.5
1	5	L	387	medium positional	0.31	0.5
2	1	A	375	medium positional	0.56	0.5
2	2	E	375	medium positional	0.61	0.5
2	3	F	375	medium positional	0.59	0.5
2	4	B	375	medium positional	0.66	0.5
2	5	C	375	medium positional	0.56	0.5
2	6	D	375	medium positional	0.59	0.5
2	7	J	375	medium positional	0.67	0.5
2	8	K	375	medium positional	0.61	0.5
1	1	A	491	tight thermal	0.37	0.5
1	2	G	491	tight thermal	0.22	0.5
1	3	H	491	tight thermal	0.26	0.5
1	4	I	491	tight thermal	0.24	0.5
1	5	L	491	tight thermal	0.23	0.5
2	1	A	471	tight thermal	0.4	0.5
2	2	E	471	tight thermal	0.36	0.5
2	3	F	471	tight thermal	0.29	0.5
2	4	B	471	tight thermal	0.38	0.5
2	5	C	471	tight thermal	0.3	0.5
2	6	D	471	tight thermal	0.32	0.5
2	7	J	471	tight thermal	0.34	0.5
2	8	K	471	tight thermal	0.26	0.5
3	1	E	59	tight thermal	0.29	0.5
3	2	F	59	tight thermal	0.22	0.5
3	3	B	59	tight thermal	0.38	0.5
4	1	A	54	tight thermal	0.54	0.5
4	2	I	54	tight thermal	0.26	0.5
4	3	J	54	tight thermal	0.36	0.5
4	4	K	54	tight thermal	0.2	0.5
4	5	L	54	tight thermal	0.17	0.5
4	6	C	54	tight thermal	0.26	0.5
4	7	D	54	tight thermal	0.29	0.5
4	8	G	54	tight thermal	0.13	0.5
4	9	H	54	tight thermal	0.13	0.5
1	1	A	387	medium thermal	1.8	2
1	2	G	387	medium thermal	1.36	2
1	3	H	387	medium thermal	1.46	2
1	4	I	387	medium thermal	1.47	2
1	5	L	387	medium thermal	1.43	2
2	1	A	375	medium thermal	2.16	2
2	2	E	375	medium thermal	2.01	2
2	3	F	375	medium thermal	1.75	2
2	4	B	375	medium thermal	2.28	2
2	5	C	375	medium thermal	1.79	2
2	6	D	375	medium thermal	2.2	2
2	7	J	375	medium thermal	2.07	2
2	8	K	375	medium thermal	1.53	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	266	-
R_work	0.237	4741	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8895	-0.0725	-0.1005	2.4919	0.3564	1.1103	0.0051	0.1959	-0.1713	-0.1373	0.0207	-0.1239	-0.0842	0.073	-0.0258	-0.1248	0.0145	0.0115	-0.2728	0.0076	-0.354	44.674	46.15	67.755
2	1.6658	0.4146	-0.8191	1.3781	-0.6522	2.1536	0.0013	-0.2878	-0.4058	0.0483	-0.1878	-0.285	-0.0331	0.3843	0.1866	-0.1311	-0.0524	-0.0216	-0.1855	0.0452	-0.2348	67.163	10.96	45.338
3	2.4428	1.58	0.4408	1.5183	0.2204	2.2416	0.0729	0.2245	-0.4332	-0.1249	0.2246	-0.2683	0.1232	0.0133	-0.2974	-0.1067	0.029	-0.054	-0.1935	0.0494	0.1709	69.337	37.347	67.769
4	2.4241	-0.3423	0.2087	2.6335	0.0979	2.3746	-0.1138	-0.5271	-0.9112	0.1715	0.1428	0.0464	0.4335	0.173	-0.029	-0.0378	0.1045	0.0314	-0.1575	0.2314	0.0004	44.327	27.772	87.269
5	3.5077	-0.306	-0.7954	1.4682	0.4442	2.5125	-0.2772	-0.82	-0.5325	0.2899	0.1542	0.2934	0.1167	0.1531	0.123	-0.0753	0.0961	0.0708	-0.0504	0.2332	-0.1902	26.655	38.789	94.646
6	3.85	-0.4066	-0.5656	1.3841	-0.0974	2.8688	-0.2053	0.1869	-0.8141	0.0015	-0.2621	0.3591	0.2113	-0.3389	0.4675	-0.1466	-0.0426	0.0612	-0.0837	-0.0885	-0.0071	121.085	9.027	86.858
7	4.0946	0.3994	-2.1	1.8147	-0.1891	3.7054	-0.14	-0.1105	-0.534	0.2329	-0.2279	0.4581	-0.0064	-0.9106	0.3679	-0.1138	-0.0002	0.0455	0.3543	-0.1548	0.0027	103.113	17.556	96.552
8	3.7983	0.4321	1.1494	1.3373	-0.1924	3.2431	0.1228	-0.6468	-0.285	0.3061	0.1206	-0.1364	0.2593	0.1097	-0.2434	0.0513	0.1059	-0.0932	0.0826	-0.0061	0.0289	88.045	46.959	92.68
9	3.017	2.2246	0.8971	5.2283	1.5891	2.2362	0.0067	-0.5157	0.3021	0.062	0.0294	0.2858	-0.151	-0.1609	-0.0362	-0.104	0.0848	-0.0484	-0.0708	-0.0324	0.0911	69.668	57.168	85.852
10	2.4933	0.2711	-1.1528	1.7769	0.7079	2.5501	0.1208	-0.5738	0.1213	0.2147	-0.1326	-0.0271	-0.1413	0.064	0.0118	-0.0367	-0.0209	-0.0214	-0.0403	-0.0514	-0.2692	132.151	31.598	97.334
11	4.0165	0.9197	0.4954	0.7425	-0.6141	3.0845	0.1898	0.6174	-0.784	0.016	0.2039	0.0386	0.1027	0.8616	-0.3937	-0.0373	0.1184	-0.0694	0.1548	-0.223	0.1454	90.951	41.179	66.935
12	1.7868	-0.2961	-0.7025	1.5684	1.3139	3.4482	0.1465	-0.0676	0.4086	-0.0436	-0.053	-0.2647	-0.6119	0.631	-0.0935	0.1192	-0.2067	-0.0286	0.1146	0.1063	-0.0848	96.807	40.42	23.251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 146	5 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 144	6 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	6 - 144	6 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 143	3 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	7 - 143	7 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	6 - 144	6 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	8 - 143	8 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	5 - 143	5 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	6 - 144	6 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	6 - 143	6 - 143
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	7 - 143	7 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	7 - 143	7 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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