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万見
- PDB-2av5: Crystal structure of Pyrococcus furiosus Pop5, an archaeal Ribonu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2av5
タイトルCrystal structure of Pyrococcus furiosus Pop5, an archaeal Ribonuclease P protein
要素Ribonuclease P protein component 2
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE P
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P, Pop5 subunit / Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P protein component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wilson, R.C. / Bohlen, C.J. / Foster, M.P. / Bell, C.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of Pfu Pop5, an archaeal RNase P protein.
著者: Wilson, R.C. / Bohlen, C.J. / Foster, M.P. / Bell, C.E.
履歴
登録2005年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component 2
B: Ribonuclease P protein component 2
C: Ribonuclease P protein component 2
D: Ribonuclease P protein component 2
E: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2365
ポリマ－69,2365
非ポリマー00
水00
1
A: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8471
ポリマ－13,8471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8471
ポリマ－13,8471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8471
ポリマ－13,8471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8471
ポリマ－13,8471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ribonuclease P protein component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8471
ポリマ－13,8471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 107.500, 179.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease P protein component 2 / RNase P component 2


分子量: 13847.177 Da / 分子数: 5 / 変異: C72S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rnp2 / プラスミド: PET-33B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U151, ribonuclease P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→46.9 Å / Num. obs: 17989 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.15→3.35 Å / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 3.15→46.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 315763.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1773 9.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 17989 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.2697 Å2 / ksol: 0.259097 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 88.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 0 0 0 4315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 293 10 %
Rwork0.37 2648 -
obs--96.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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