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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2av5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pyrococcus furiosus Pop5, an archaeal Ribonuclease P protein | ||||||
要素 | Ribonuclease P protein component 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RIBONUCLEASE P | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, R.C. / Bohlen, C.J. / Foster, M.P. / Bell, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structure of Pfu Pop5, an archaeal RNase P protein. 著者: Wilson, R.C. / Bohlen, C.J. / Foster, M.P. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2av5.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2av5.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2av5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2av5_validation.pdf.gz | 452.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2av5_full_validation.pdf.gz | 481 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2av5_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2av5_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2av5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/2av5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13847.177 Da / 分子数: 5 / 変異: C72S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rnp2 / プラスミド: PET-33B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U151, ribonuclease P |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→46.9 Å / Num. obs: 17989 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.35 Å / % possible all: 70 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 3.15→46.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 315763.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.2697 Å2 / ksol: 0.259097 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.9 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top |