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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aud | ||||||
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タイトル | Unliganded HincII | ||||||
![]() | Type II restriction enzyme HincII | ||||||
![]() | HYDROLASE / restriction endonuclease / DNA binding / blunt cutter | ||||||
機能・相同性 | ![]() type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horton, N.C. / Little, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: DNA-induced conformational changes in Type II restriction endonucleases: The structure of unliganded HincII 著者: Horton, N.C. / Little, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kc6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | biological unit is a dimer. Assymetric unit contains a monomer. The dimer is created by a crystallographic twofold. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29835.082 Da / 分子数: 1 / 断片: HincII / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hincIIR / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P17743, type II site-specific deoxyribonuclease |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4K, Tris, NaCl, MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 18087 / Num. obs: 18087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 36.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.141007 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1013 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KC6, HincII bound to DNA monomer 解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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