PDB-2aub: Lysozyme structure derived from thin-film-based crystals

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aub

タイトル

Lysozyme structure derived from thin-film-based crystals

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pechkova, E. / Sivozhelezov, V. / Tropiano, G. / Fiordoro, S. / Nicolini, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Comparison of lysozyme structures derived from thin-film-based and classical crystals.
著者: Pechkova, E. / Sivozhelezov, V. / Tropiano, G. / Fiordoro, S. / Nicolini, C.

履歴

登録	2005年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aub.cif.gz	37.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aub.ent.gz	25.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aub_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aub_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	2aub_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	2aub_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a4n-d 5f81-d 3a94-d 4hv1-d 1qio-d 5e9r-d 4wld-d 4etd-d 6mqv-d 1uib-d 2lyo-d 1yl1-d 1heo-d 5k2p-d 1lzg-d 1gwd-d 1uie-d 3aw7-d 2q0m-d 5k2k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.210, 79.210, 37.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.93 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9755 Å
検出器	日付: 2004年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→27.2 Å / Num. obs: 13598

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		精密化
Quanta		モデル構築
XTALVIEW		精密化
REFMAC	5	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→27 Å / σ(F): 2.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.283	6799	RANDOM
R_work	0.208	-	-
all	0.22	13598	-
obs	0.208	12866	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	56	1057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.024	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.021	930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.047	1.911	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.011	3	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.027	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.475	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.761	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.76	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.16	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.205	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.336	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.316	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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