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万見
- PDB-2au6: Crystal structure of catalytic intermediate of inorganic pyrophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2au6
タイトルCrystal structure of catalytic intermediate of inorganic pyrophosphatase
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / intermediate / inorganic pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic triphosphate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / : / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Samygina, V.R. / Popov, A.N. / Avaeva, S.M. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Reversible inhibition of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase by fluoride: trapped catalytic intermediates in cryo-crystallographic studies
著者: Samygina, V.R. / Moiseev, V.M. / Rodina, E.V. / Vorobyeva, N.N. / Popov, A.N. / Kurilova, S.A. / Nazarova, T.I. / Avaeva, S.M. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2005年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,30214
ポリマ－19,5851
非ポリマー71713
水5,206289
1
A: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,81384
ポリマ－117,5126
非ポリマー4,30278
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+11
Buried area25980 Å2
ΔGint-632 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.805, 110.805, 73.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

MN

21A-511-

HOH

31A-555-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho- hydrolase / PPase


分子量: 19585.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A7A9, inorganic diphosphatase

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非ポリマー , 7種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#7: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PO4 AND POP ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.
配列の詳細THERE IS THR IN THE POSITION 85 ACCORDING TO: OGANESSYAN V.YU., KURILOVA S.A., VOROBEVA N.N., ...THERE IS THR IN THE POSITION 85 ACCORDING TO: OGANESSYAN V.YU., KURILOVA S.A., VOROBEVA N.N., NAZAROVA T.I., POPOV A.N., LEBEDEV A.A., AVAEVA S.M., HARUTYUNYAN E.H.(1994) FEBS LETT., 348, P301-304. ANALYSIS OF THE DENSITY MAP SHOWS THAT RESIDUE IN THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月25日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING X-RAY OPTICS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 56152 / Num. obs: 56152 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 16115 / Num. restraintsaints: 20688 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1568 2674 5 %RANDOM
Rwork0.1252 ---
obs0.1252 51086 94.8 %-
all-51086 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 33 / Occupancy sum hydrogen: 1310.93 / Occupancy sum non hydrogen: 1604.36
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 0 25 289 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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