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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2atx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the TC10 GppNHp complex | ||||||
要素 | small GTP binding protein TC10 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TC10 / GTPase / P-loop / alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / GBD domain binding / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / profilin binding / Golgi-associated vesicle membrane / cell projection assembly / GTP metabolic process / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of filopodium assembly ...: / GBD domain binding / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / profilin binding / Golgi-associated vesicle membrane / cell projection assembly / GTP metabolic process / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of filopodium assembly / cortical actin cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of glucose import / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / endocytosis / cellular response to insulin stimulus / cell migration / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell shape / membrane raft / GTPase activity / GTP binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Hemsath, L. / Dvorsky, R. / Fiegen, D. / Carlier, M.F. / Ahmadian, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: An electrostatic steering mechanism of Cdc42 recognition by Wiskott-Aldrich syndrome proteins 著者: Hemsath, L. / Dvorsky, R. / Fiegen, D. / Carlier, M.F. / Ahmadian, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2atx.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2atx.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2atx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2atx_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2atx_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2atx_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2atx_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/2atx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/2atx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21151.344 Da / 分子数: 2 / 断片: TC10 (0-193) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TC10 / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17081, small monomeric GTPase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MES, PEG 3350, NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 12449 / Num. obs: 12449 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 23.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TC10 GDP (unpublished) 解像度: 2.65→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 13.468 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.309 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.466 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.84 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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