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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2asi | ||||||||||||
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タイトル | ASPARTIC PROTEINASE | ||||||||||||
要素 | ASPARTIC PROTEINASEアスパラギン酸プロテアーゼ | ||||||||||||
キーワード | ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / ZYMOGEN (酵素前駆体) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Rhizomucor miehei (菌類) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yang, J. / Jia, Z. / Vandonselaar, M. / Kepliakov, P.S.A. / Quail, J.W. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the aspartic proteinase from Rhizomucor miehei at 2.15 A resolution. 著者: Yang, J. / Teplyakov, A. / Quail, J.W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Structure Solution of Rhizomucor Miehei Aspartic Proteinase 著者: Jia, Z. / Vandonselaar, M. / Schneider, P. / Quail, J.W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2asi.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2asi.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2asi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38735.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhizomucor miehei (菌類) / 参照: UniProt: P00799, ケカビペプシン |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 3.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.927 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月19日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.927 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19858 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.13 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 121713 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.19 Å / % possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.261 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.15→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 39.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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