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- PDB-2ash: Crystal structure of Queuine tRNA-ribosyltransferase (EC 2.4.2.29... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ash
タイトルCrystal structure of Queuine tRNA-ribosyltransferase (EC 2.4.2.29) (tRNA-guanine (tm1561) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.90 A resolution
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tm1561 / Queuine tRNA-ribosyltransferase / tRNA-guanine / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / molecular replacement/MAD / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Queuine tRNA-ribosyltransferase (EC 2.4.2.29) (tRNA-guanine (tm1561) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
C: Queuine tRNA-ribosyltransferase
D: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,84123
ポリマ－171,7824
非ポリマー1,06019
水11,800655
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,34110
ポリマ－85,8912
非ポリマー4508
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
2
C: Queuine tRNA-ribosyltransferase
D: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,50013
ポリマ－85,8912
非ポリマー61011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.467, 99.422, 124.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 2 - 362 / Label seq-ID: 14 - 374

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Queuine tRNA-ribosyltransferase / tRNA-guanine transglycosylase / Guanine insertion enzyme


分子量: 42945.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tgt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: Q9X1P7, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 293 K / pH: 10
詳細: 15.0% PEG-8000, 0.2M NaCl, 0.1M CHES pH 10.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンALS 8.3.121.115902, 1.282804
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年3月10日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年2月5日KOHZU: double crystal Si(111)
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.1159021
31.2828041
反射解像度: 1.9→51.7 Å / Num. obs: 133817 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
1.9-1.9599.82.90.6590.499370.659
1.95-299.930.4151.596470.415
2-2.0699.830.3590.793840.359
2.06-2.1299.830.3350.691190.335
2.12-2.1999.730.1863.788050.186
2.19-2.2799.630.2380.885730.238
2.27-2.3699.430.1293.882070.129
2.36-2.4599.23.10.1076.179250.107
2.45-2.5698.93.10.096275290.096
2.56-2.6998.53.10.094.571930.09
2.69-2.8398.13.10.0669.468190.066
2.83-397.93.30.061064450.06
3-3.211004.50.0668.961890.066
3.21-3.471004.50.059857440.059
3.47-3.899.94.50.04712.353210.047
3.8-4.251004.40.04213.548260.042
4.25-4.911004.40.03616.642440.036
4.91-6.0199.94.40.03616.535920.036
6.01-8.599.94.30.03914.728030.039
8.5-51.796.53.90.03915.615150.039

-
位相決定

位相決定手法: molecular replacement/MAD

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0013精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換
開始モデル: 1EFZ

1efz


解像度: 1.9→51.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.909 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.137
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DENSITY IS WEAK FOR RESIDUES 99-100. NCS WAS USED TO MODEL THIS REGION. (3) RESIDUES 147-148 WERE OMITTED FROM ALL CHAINS DUE TO POOR ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DENSITY IS WEAK FOR RESIDUES 99-100. NCS WAS USED TO MODEL THIS REGION. (3) RESIDUES 147-148 WERE OMITTED FROM ALL CHAINS DUE TO POOR DENSITY. 4. THE COORDINATION OF ALL FOUR ZINC IONS ARE EQUIVALENT. HOWEVER, THE ENVIRONMENT AROUND THE ZINC ION IN CHAIN D DISTORTS DURING REFINEMENT. THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE 1EFZ SEARCH MODEL AND REFINED AGAINST THE 1.9 A NATIVE DATA. DURING REFINEMENT, 2.1 A DATA FROM A MAD EXPERIMENT AT THE ZINC EDGE WERE USED TO CALCULATE EXPERIMENTAL PHASES. THE SUBSTRUCTURE COULD BE SOLVED DE NOVO USING SHELXD AND THE PHASES WERE REFINED WITH AUTOSHARP. THESE PHASES WERE EXTENDED WITH DM USING AMPLITUDES FROM HIGHER RESOLUTION (1.9 A) NATIVE DATA SET. THESE DENSITY MODIFIED ZN-MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS IN SUBSEQUENT REFINEMENT CYCLES AGAINST THE 1.9 A NATIVE DATA AND WERE INCLUDED IN THE FINAL REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 6626 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.195 ---
obs-124830 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.259 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→51.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11070 0 49 655 11774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02211418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.96415423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.009319086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19551435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76622.879455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.827151951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0071578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.28179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.25601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.26028
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1610.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3290.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.57407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2381.52946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.475211565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45834553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6964.53858
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4407 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDRmsタイプWeight
1A0.47LOOSE POSITIONAL5
2B0.38LOOSE POSITIONAL5
3C0.35LOOSE POSITIONAL5
4D0.37LOOSE POSITIONAL5
1A2.43LOOSE THERMAL10
2B1.84LOOSE THERMAL10
3C1.44LOOSE THERMAL10
4D1.55LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 456 -
Rwork0.322 8384 -
obs--88.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15450.79740.02840.8351-0.22670.7934-0.2782-0.0931-0.3143-0.0230.08120.1050.2047-0.1770.197-0.03790.00340.1304-0.22020.0045-0.145821.106350.284-16.3454
21.81130.8816-0.07570.9609-0.10281.1514-0.08420.04910.1357-0.04570.0045-0.0901-0.11790.22810.0798-0.154-0.00770.0157-0.13290.0449-0.222152.015776.853-33.0104
33.6053-1.358-1.19291.08790.37631.2952-0.1365-0.34520.94480.10510.2306-0.02450.0455-0.0678-0.0941-0.20320.0545-0.117-0.2016-0.0850.130732.039575.85925.0988
42.7074-1.5434-0.12091.59250.23160.966-0.1412-0.2890.05530.04350.0628-0.2350.0921-0.01780.0784-0.1930.077-0.0331-0.12510.0484-0.176967.112548.889423.8152
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 36313 - 375
22BB2 - 36214 - 374
33CC1 - 36313 - 375
44DD1 - 36313 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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