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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ard
タイトルThe structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA) suggests a mechanism for regioselective chlorination
要素tryptophan halogenase PrnA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / tryptophan 7-halogenase / flavin-dependent halogenase / helical bundle / sandwiched sheets / Structural Genomics / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tryptophan 7-halogenase PrnA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF)
引用
ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Tryptophan 7-halogenase (PrnA) structure suggests a mechanism for regioselective chlorination.
著者: Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / van Pee, K.H. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction of a halogenating enzyme, tryptophan 7-halogenase, from Pseudomonas fluorescens
著者: Dong, C. / Kotzsch, A. / Dorward, M. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H.
履歴
登録2005年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32015年12月9日Group: Derived calculations
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9342
ポリマ－61,1461
非ポリマー7881
水1,67593
1
A: tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子

A: tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8674
ポリマ－122,2922
非ポリマー1,5752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+3/2,y+1/2,-z+3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)68.300, 68.300, 274.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 tryptophan halogenase PrnA


分子量: 61146.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: prnA / プラスミド: pPEH14 / 発現宿主: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株 (発現宿主): Pseudomonas fluorescens BL915 / 参照: UniProt: P95480
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG20000, 0.1M Mes pH6.5, 5mM FAD, 30mM sodium dithionite , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→54.82 Å / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 11.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.97 % / Biso Wilson estimate: 57.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 8 / Scaling rejects: 628
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured obs: 126 / Num. unique all: 1872 / Rsym value: 0.32 / Χ2: 0.9 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AR8

2ar8


解像度: 2.6→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 25.619 / SU ML: 0.269 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.648 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1068 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.214 ---
obs0.21 20795 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 53 93 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.9585678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55323.235204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.59415653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2541533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.22805
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.52557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29324026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98631870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2324.51652
LS精密化 シェル解像度: 2.598→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 73 -
Rwork0.258 1435 -
all-1508 -
obs-7746 99.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.336 Å / Origin y: 23.754 Å / Origin z: 89.306 Å
111213212223313233
T0.3635 Å20.0338 Å2-0.0708 Å2-0.1025 Å2-0.0049 Å2--0.1549 Å2
L0.5691 °20.6616 °20.2221 °2-1.791 °20.0932 °2--0.8646 °2
S0.2078 Å °0.0483 Å °-0.0188 Å °0.3484 Å °0.0203 Å °0.0329 Å °0.1132 Å °-0.0249 Å °-0.2281 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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