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万見
- PDB-2ar9: Crystal structure of a dimeric caspase-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ar9
タイトルCrystal structure of a dimeric caspase-9
要素Caspase-9
キーワードHYDROLASE / caspase / caspase activation / initiator caspase / cysteine protease / engineered caspase-9
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-9 / caspase complex / Formation of apoptosome / apoptosome / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity ...caspase-9 / caspase complex / Formation of apoptosome / apoptosome / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / response to anesthetic / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / positive regulation of execution phase of apoptosis / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to dexamethasone stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein maturation / response to ischemia / NOD1/2 Signaling Pathway / kidney development / enzyme activator activity / protein processing / SH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...CASP9, CARD domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Caspase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chao, Y. / Shiozaki, E.N. / Srinivassula, S.M. / Rigotti, D.J. / Fairman, R. / Shi, Y.
引用ジャーナル: PLOS BIOL. / 年: 2005
タイトル: Engineering a Dimeric Caspase-9: A Re-Evaluation of the Induced Proximity Model for Caspase Activation
著者: Chao, Y. / Shiozaki, E.N. / Srinivassula, S.M. / Rigotti, D.J. / Fairman, R. / Shi, Y.
履歴
登録2005年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-9
B: Caspase-9
C: Caspase-9
D: Caspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3495
ポリマ－122,2154
非ポリマー1341
水2,396133
1
A: Caspase-9
B: Caspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2423
ポリマ－61,1082
非ポリマー1341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
2
C: Caspase-9
D: Caspase-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1082
ポリマ－61,1082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.698, 78.055, 125.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-674-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Caspase-9


分子量: 30553.812 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 140-416 / 変異: C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P55211, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 32242 / Num. obs: 31920 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NW9

1nw9


解像度: 2.8→11 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 3141 random
Rwork0.237 --
all0.24 31618 -
obs0.24 31405 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7144 0 9 133 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.405
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2mal.par
X-RAY DIFFRACTION3water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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