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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aqt | ||||||
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タイトル | CU/ZN superoxide dismutase from neisseria meningitidis K91Q, K94Q double mutant | ||||||
![]() | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cu/zn superoxide dismutase / electrostatic guidance / neisseria meningitidis | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / periplasmic space / copper ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DiDonato, M. / Kassmann, C.J. / Bruns, C.K. / Cabelli, D.E. / Cao, Z. / Tabatabai, L.B. / Kroll, J.S. / Getzoff, E.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CU/ZN superoxide dismutase from neisseria meningitidis K91Q, K94Q double mutant 著者: DiDonato, M. / Kassmann, C.J. / Bruns, C.K. / Cabelli, D.E. / Cao, Z. / Tabatabai, L.B. / Kroll, J.S. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 CBA
#1: タンパク質 | 分子量: 17385.268 Da / 分子数: 3 / 変異: K91Q, K94Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sodC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q59623, UniProt: P57005*PLUS, superoxide dismutase |
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-非ポリマー , 5種, 369分子 ![](data/chem/img/CU1.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: AmSO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 96 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月4日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→67 Å / Num. all: 38514 / Num. obs: 38514 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4141 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: wild-type 解像度: 1.8→49.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1389033.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.1226 Å2 / ksol: 0.390888 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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