PDB-2an6: Protein-peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2an6

タイトル

Protein-peptide complex

要素

Ubiquitin ligase SIAH1A
peptide from Phyllopod

キーワード

LIGASE / protein-peptide complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin conjugating enzyme binding / SCF ubiquitin ligase complex / male meiosis I / regulation of multicellular organism growth / canonical Wnt signaling pathway / post-embryonic development / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

House, C.M. / Hancock, N.C. / Moller, A. / Cromer, B.A. / Fedorov, V. / Bowtell, D.D.L. / Parker, M.W. / Polekhina, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Elucidation of the substrate binding site of Siah ubiquitin ligase
著者: House, C.M. / Hancock, N.C. / Moller, A. / Cromer, B.A. / Fedorov, V. / Bowtell, D.D.L. / Parker, M.W. / Polekhina, G.

履歴

登録	2005年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2an6.cif.gz	170.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2an6.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2an6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2an6_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2an6_full_validation.pdf.gz	518.1 KB	表示
XML形式データ	2an6_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	2an6_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/2an6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/2an6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i7b-d 5h9m-d 6pfo-2 1itb-d 6pfo-1 4x3g-d 5f0s-d 4a22-1 4r6u-2 1woy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin ligase SIAH1A

B: Ubiquitin ligase SIAH1A

C: Ubiquitin ligase SIAH1A

D: Ubiquitin ligase SIAH1A

E: peptide from Phyllopod

F: peptide from Phyllopod

G: peptide from Phyllopod

H: peptide from Phyllopod

ヘテロ分子

98.1 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin ligase SIAH1A

B: Ubiquitin ligase SIAH1A

E: peptide from Phyllopod

F: peptide from Phyllopod

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ubiquitin ligase SIAH1A

D: Ubiquitin ligase SIAH1A

G: peptide from Phyllopod

H: peptide from Phyllopod

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.300, 100.000, 103.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	2	A	A	162 - 170	71 - 79
2	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	2	B	B	162 - 170	71 - 79
3	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	2	C	C	162 - 170	71 - 79
4	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	2	D	D	162 - 170	71 - 79
5	2	1	TRP	TRP	LEU	LEU	2	A	A	178 - 193	87 - 102
6	2	1	TRP	TRP	LEU	LEU	2	B	B	178 - 193	87 - 102
7	2	1	TRP	TRP	LEU	LEU	2	C	C	178 - 193	87 - 102
8	2	1	TRP	TRP	LEU	LEU	2	D	D	178 - 193	87 - 102
9	3	1	PHE	PHE	ILE	ILE	2	A	A	205 - 212	114 - 121
10	3	1	PHE	PHE	ILE	ILE	2	B	B	205 - 212	114 - 121
11	3	1	PHE	PHE	ILE	ILE	2	C	C	205 - 212	114 - 121
12	3	1	PHE	PHE	ILE	ILE	2	D	D	205 - 212	114 - 121
13	4	1	PHE	PHE	PRO	PRO	2	A	A	221 - 240	130 - 149
14	4	1	PHE	PHE	PRO	PRO	2	B	B	221 - 240	130 - 149
15	4	1	PHE	PHE	PRO	PRO	2	C	C	221 - 240	130 - 149
16	4	1	PHE	PHE	PRO	PRO	2	D	D	221 - 240	130 - 149
17	5	1	ASP	ASP	ASP	ASP	2	A	A	255 - 260	164 - 169
18	5	1	ASP	ASP	ASP	ASP	2	B	B	255 - 260	164 - 169
19	5	1	ASP	ASP	ASP	ASP	2	C	C	255 - 260	164 - 169
20	5	1	ASP	ASP	ASP	ASP	2	D	D	255 - 260	164 - 169
21	6	1	GLY	GLY	ILE	ILE	2	A	A	271 - 279	180 - 188
22	6	1	GLY	GLY	ILE	ILE	2	B	B	271 - 279	180 - 188
23	6	1	GLY	GLY	ILE	ILE	2	C	C	271 - 279	180 - 188
24	6	1	GLY	GLY	ILE	ILE	2	D	D	271 - 279	180 - 188
1	1	2	TYR	TYR	CYS	CYS	5	A	A	126 - 128	35 - 37
2	1	2	TYR	TYR	CYS	CYS	5	B	B	126 - 128	35 - 37
3	1	2	TYR	TYR	CYS	CYS	5	C	C	126 - 128	35 - 37
4	1	2	TYR	TYR	CYS	CYS	5	D	D	126 - 128	35 - 37
5	2	2	CYS	CYS	GLN	GLN	5	A	A	135 - 151	44 - 60
6	2	2	CYS	CYS	GLN	GLN	5	B	B	135 - 151	44 - 60
7	2	2	CYS	CYS	GLN	GLN	5	C	C	135 - 151	44 - 60
8	2	2	CYS	CYS	GLN	GLN	5	D	D	135 - 151	44 - 60

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ubiquitin ligase SIAH1A / Siah ubiquitin ligase / Seven in absentia homolog 1a / Siah1a / Siah-1a / mSiah-1a 分子量: 21537.635 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 92-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta 参照: UniProt: P61092, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from Phyllopod 分子量: 2849.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: magnesium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.117 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.117 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. all: 25007 / Num. obs: 23606 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 83.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1920 / R_sym value: 0.508 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 22.425 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30498	1257	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23717	-	-	-
all	0.24064	25007	-	-
obs	0.24064	23606	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.1 Å²	0 Å²	6.5 Å²
2-	-	-8.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6364	0	8	0	6372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.943	8836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.9	5	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.21	24	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.61	15	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.09	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.284	0.2	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.2	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.196	2	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.119	3	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.745	2	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.118	3	2320

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	272	tight positional	0.2	0.35
1	2	B	272	tight positional	0.22	0.35
1	3	C	272	tight positional	0.25	0.35
1	4	D	272	tight positional	0.25	0.35
1	1	A	287	medium positional	0.53	0.5
1	2	B	287	medium positional	0.57	0.5
1	3	C	287	medium positional	0.61	0.5
1	4	D	287	medium positional	0.62	0.5
2	1	A	80	medium positional	0.24	0.5
2	2	B	80	medium positional	0.21	0.5
2	3	C	80	medium positional	0.24	0.5
2	4	D	80	medium positional	0.25	0.5
2	1	A	80	loose positional	1	5
2	2	B	80	loose positional	0.8	5
2	3	C	80	loose positional	0.71	5
2	4	D	80	loose positional	1.22	5
1	1	A	272	tight thermal	0.2	0.5
1	2	B	272	tight thermal	0.18	0.5
1	3	C	272	tight thermal	0.18	0.5
1	4	D	272	tight thermal	0.23	0.5
1	1	A	287	medium thermal	1.84	2
1	2	B	287	medium thermal	1.71	2
1	3	C	287	medium thermal	1.7	2
1	4	D	287	medium thermal	2.65	2
2	1	A	80	medium thermal	1.33	2
2	2	B	80	medium thermal	0.88	2
2	3	C	80	medium thermal	0.89	2
2	4	D	80	medium thermal	1.84	2
2	1	A	80	loose thermal	3.72	10
2	2	B	80	loose thermal	2.97	10
2	3	C	80	loose thermal	3.18	10
2	4	D	80	loose thermal	4.81	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.506	81	-
R_work	0.391	1619	-
obs	-	-	93.77 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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