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万見
- PDB-2an1: Structural Genomics, The crystal structure of a putative kinase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2an1
タイトルStructural Genomics, The crystal structure of a putative kinase from Salmonella typhimurim LT2
要素putative kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / putative kinase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, R. / Zhou, M. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a putative kinase from Salmonella typhimurim LT2
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative kinase
B: putative kinase
C: putative kinase
D: putative kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,4854
ポリマ－130,4854
非ポリマー00
水9,764542
1
A: putative kinase
D: putative kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2422
ポリマ－65,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
2
B: putative kinase
C: putative kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2422
ポリマ－65,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.535, 99.323, 144.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein existed as dimer, MolA/MolD, MolB/MolC are two dimers in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
putative kinase


分子量: 32621.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: yfjB / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P65774, NAD+ kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 97358 / Num. obs: 94632 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 9612 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.656 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.152
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23262 4738 5 %RANDOM
Rwork0.19999 ---
obs0.20163 89824 97.25 %-
all-92365 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8566 0 0 542 9108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.96411822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.38824.081397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.008151490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.23981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.25934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8031.55607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41128772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84633506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9784.53050
LS精密化 シェル解像度: 2→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 282 -
Rwork0.24 5243 -
obs--78.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2336-0.16510.06591.98660.22850.22430.0277-0.0422-0.11480.01390.0159-0.09980.00920.0328-0.0436-0.08620.0051-0.0196-0.0548-0.00470.068786.71136.34434.452
21.84170.5658-0.18151.0115-0.06770.24170.03920.03320.0249-0.0043-0.03270.1960.00150.0099-0.0065-0.0580.00890.0034-0.0865-0.00370.03945.68659.20240.966
30.99180.63940.27351.25620.47422.07060.1849-0.2122-0.00960.1644-0.1278-0.0124-0.13510.2653-0.0571-0.0233-0.07270.00580.03820.0015-0.092572.34361.15964.269
41.04960.29420.47430.98940.1141.8384-0.1240.18790.0296-0.17820.0819-0.0446-0.38780.17990.04210.0346-0.04460.0066-0.0320.0061-0.059480.03265.71518.629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1004 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 200101 - 200
3X-RAY DIFFRACTION1AA201 - 292201 - 292
4X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1004 - 100
5X-RAY DIFFRACTION2BB101 - 200101 - 200
6X-RAY DIFFRACTION2BB201 - 292201 - 292
7X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1005 - 100
8X-RAY DIFFRACTION3CC101 - 200101 - 200
9X-RAY DIFFRACTION3CC201 - 290201 - 290
10X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 1004 - 100
11X-RAY DIFFRACTION4DD101 - 200101 - 200
12X-RAY DIFFRACTION4DD201 - 292201 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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