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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2amj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Modulator of Drug Activity B from Escherichia coli O157:H7 | ||||||
![]() | Modulator of drug activity B | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / menadione / DT-diaphorase / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adams, M.A. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modulator of drug activity B from Escherichia coli: crystal structure of a prokaryotic homologue of DT-diaphorase. 著者: Adams, M.A. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Residue 1 in chains A, B, C and D is a modified methionine (MSE) and is a cloning artifact |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23450.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: Magnesium Chloride, Tris HCl, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46 Å / Num. obs: 61582 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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