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万見
- PDB-2akz: Fluoride Inhibition of Enolase: Crystal Structure of the Inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2akz
タイトルFluoride Inhibition of Enolase: Crystal Structure of the Inhibitory Complex
要素Gamma enolase
キーワードLYASE / enolase / fluoride inhibition / negative cooperativity / glycolysis / crystal structure / isothermal titration calorimetry
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon ...phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / PHOSPHATE ION / Gamma-enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Qin, J. / Chai, G. / Brewer, J.M. / Lovelace, L.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Fluoride inhibition of enolase: crystal structure and thermodynamics
著者: Qin, J. / Chai, G. / Brewer, J.M. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2005年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年3月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma enolase
B: Gamma enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,52113
ポリマ－96,0362
非ポリマー48511
水17,421967
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.007, 118.515, 67.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-865-

HOH

21A-936-

HOH

31B-758-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma enolase / E.C.4.2.1.11 / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / Neural enolase / Neuron-specific enolase / NSE / Enolase 2


分子量: 48018.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inhibitory complex / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09104, phosphopyruvate hydratase

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非ポリマー , 5種, 978分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→50 Å / Num. all: 164608 / Num. obs: 164608 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.36→1.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.352

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.36→10 Å / Num. parameters: 67923 / Num. restraintsaints: 76003 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1443 --RANDOM
Rwork0.1099 ---
all0.1214 164608 --
obs0.1118 164608 88.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 6489 / Occupancy sum non hydrogen: 7546.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6553 0 26 967 7546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0281
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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