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- PDB-2aky: HIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF ADENYLATE KINASE FROM YEAST LIGATED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aky
タイトルHIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF ADENYLATE KINASE FROM YEAST LIGATED WITH INHIBITOR AP5A, SHOWING THE PATHWAY OF PHOSPHORYL TRANSFER
要素ADENYLATE KINASE
キーワードADENYLATE KINASE / ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / MYOKINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-replicative complex assembly / AMP metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleotide metabolic process / AMP binding / DNA replication origin binding / DNA replication initiation ...pre-replicative complex assembly / AMP metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleotide metabolic process / AMP binding / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Abele, U. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: High-resolution structures of adenylate kinase from yeast ligated with inhibitor Ap5A, showing the pathway of phosphoryl transfer.
著者: Abele, U. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Stability, Activity and Structure of Adenylate Kinase Mutants
著者: Spuergin, P. / Abele, U. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987
タイトル: The C-DNA Sequence Encoding Cytosolic Adenylate Kinase from Baker'S Yeast (Saccharomyces Cerevisiae)
著者: Proba, K. / Tomasselli, A.G. / Nielsen, P. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of the Complex of Yeast Adenylate Kinase with the Inhibitor Ap5A at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Egner, U. / Tomasselli, A.G. / Schulz, G.E.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Adenylate Kinase from Baker'S Yeast
著者: Tomasselli, A.G. / Mast, E. / Janes, W. / Schiltz, E.
履歴
登録1995年7月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0093
ポリマ－24,0691
非ポリマー9412
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.000, 40.400, 45.500
Angle α, β, γ (deg.)110.70, 108.80, 64.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 92

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE / ATP\:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / MYOKINASE


分子量: 24068.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: RED STAR, MILWAUKEE / 細胞内の位置: CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07170, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE


分子量: 916.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
21.1 mMAp5A1drop
326 %PEG80001drop
460 mMIm1drop
530 %PEG80001reservoir
660 mMIm1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1988
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.96 Å / Num. obs: 15638 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 %
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SYNDUCデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.96→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.176 --
obs0.176 15477 99.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 66 459 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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