[日本語] English
万見
- PDB-2akf: Crystal structure of the coiled-coil domain of coronin 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2akf
タイトルCrystal structure of the coiled-coil domain of coronin 1
要素Coronin-1A
キーワードPROTEIN BINDING / coiled coil / coronin 1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / phagolysosome assembly / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / epithelial cell migration / T cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization ...negative regulation of vesicle fusion / uropod organization / negative regulation of actin nucleation / thymocyte migration / phagolysosome assembly / natural killer cell degranulation / early endosome to recycling endosome transport / epithelial cell migration / T cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / stereocilium tip / vesicle fusion / nerve growth factor signaling pathway / regulation of actin filament polymerization / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / leukocyte chemotaxis / cortical actin cytoskeleton / positive chemotaxis / cell-substrate adhesion / cell leading edge / myosin heavy chain binding / T cell homeostasis / phagocytic cup / immunological synapse / actin monomer binding / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-4 / phosphatidylinositol 3-kinase binding / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / cytoskeletal protein binding / T cell activation / response to cytokine / establishment of localization in cell / actin filament / actin filament organization / phagocytic vesicle membrane / calcium ion transport / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / cell migration / positive regulation of T cell activation / lamellipodium / regulation of cell shape / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / axon / glutamatergic synapse / synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trimerisation motif / Trimerisation motif / DUF1900 / Type of WD40 repeat / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / DUF1899 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. ...Trimerisation motif / Trimerisation motif / DUF1900 / Type of WD40 repeat / Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / DUF1899 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kammerer, R.A. / Kostrewa, D. / Progias, P. / Honnappa, S. / Avila, D. / Lustig, A. / Winkler, F.K. / Pieters, J. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A conserved trimerization motif controls the topology of short coiled coils
著者: Kammerer, R.A. / Kostrewa, D. / Progias, P. / Honnappa, S. / Avila, D. / Lustig, A. / Winkler, F.K. / Pieters, J. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coronin-1A
B: Coronin-1A
C: Coronin-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6607
ポリマ－11,3983
非ポリマー2624
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area6870 Å2
手法PISA
2
B: Coronin-1A
ヘテロ分子

A: Coronin-1A
ヘテロ分子

C: Coronin-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6607
ポリマ－11,3983
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.587, 23.569, 46.402
Angle α, β, γ (deg.)92.51, 96.85, 119.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is the trimer in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Coronin-1A / Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat ...Coronin-like protein p57 / Coronin-like protein A / CLIPINA / Tryptophan aspartate-containing coat protein / TACO


分子量: 3799.293 Da / 分子数: 3 / 断片: Coiled-coil domain / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide with natural sequence of the C-terminal coiled-coil domain of mouse coronin 1.
参照: UniProt: O89053
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, zinc sulfate, PEG MME 550, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9004 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 24694 / Num. obs: 24694 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.25 Å / 冗長度: 2.92 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 2593 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.113 / SU ML: 0.024 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1237 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.162 23457 --
obs0.162 23457 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.08 Å2-0.31 Å2
2---0.09 Å2-0.45 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.048 Å0.049 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数798 0 7 98 903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.9951065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81131806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.592593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.3682548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6815174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5851512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2110.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3770.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3050.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.032656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.262198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9253777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.274.5373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1956288
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.30931857
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.043105
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.66831578
LS精密化 シェル解像度: 1.203→1.235 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.207 86
Rwork0.188 1568
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.847 Å / Origin y: 0.0756 Å / Origin z: 3.2185 Å
111213212223313233
T-0.0421 Å2-0.0091 Å2-0.0014 Å2--0.0191 Å2-0.0063 Å2---0.0389 Å2
L0.0909 °20.4749 °21.4515 °2-2.481 °27.5828 °2--23.1754 °2
S-0.0786 Å °0.0184 Å °0.0042 Å °0.0023 Å °-0.0007 Å °0.0471 Å °0.1517 Å °-0.1266 Å °0.0793 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る