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- PDB-2ajf: Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ajf
タイトルStructure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor
要素
  • Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2)
  • SARS-coronavirus spike protein
キーワードhydrolase/viral protein / antiparallel beta sheet / extended loop / hydrolase-viral protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like ...Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, F. / Li, W. / Farzan, M. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with receptor.
著者: Li, F. / Li, W. / Farzan, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2)
B: Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2)
E: SARS-coronavirus spike protein
F: SARS-coronavirus spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,05616
ポリマ－179,3534
非ポリマー2,70212
水1,17165
1
A: Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2)
E: SARS-coronavirus spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2499
ポリマ－89,6772
非ポリマー1,5727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
2
B: Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2)
F: SARS-coronavirus spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8077
ポリマ－89,6772
非ポリマー1,1305
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area34180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.299, 119.429, 113.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
12A
22B
32A
42B
52A
62B
13E
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLNGLNAA19 - 1021 - 84
211SERSERGLNGLNBB19 - 1021 - 84
321ASNASNASNASNAA290 - 397272 - 379
421ASNASNASNASNBB290 - 397272 - 379
531HISHISGLUGLUAA417 - 430399 - 412
631HISHISGLUGLUBB417 - 430399 - 412
112ASNASNPROPROAA103 - 28985 - 271
212ASNASNPROPROBB103 - 28985 - 271
322GLUGLULYSLYSAA398 - 416380 - 398
422GLUGLULYSLYSBB398 - 416380 - 398
532ASPASPASPASPAA431 - 615413 - 597
632ASPASPASPASPBB431 - 615413 - 597
113CYSCYSGLUGLUEC323 - 5021 - 180
213CYSCYSGLUGLUFD323 - 5021 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme-Related Carboxypeptidase (Ace2) / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH


分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2 / プラスミド: pFastBac 1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 SARS-coronavirus spike protein / Spike glycoprotein / Peplomer protein / E2


分子量: 20523.072 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor-binding domain, residues 323-502 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 株: SARS / 遺伝子: S / プラスミド: pFastBac 1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59594

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 69分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器日付: 2005年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.4 Å / Num. obs: 41841 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Rsym value: 0.682 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R42

1r42


解像度: 2.9→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 47.766 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2165 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.221 41841 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å27.05 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12546 0 166 65 12777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02213096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.95117826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6951536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.49724.665656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.62152098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3191552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.26493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.28902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.57859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.234212432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85536085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4334.55394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1655medium positional0.470.5
2A3215medium positional0.530.5
3E1403medium positional0.280.5
1A1655medium thermal0.332
2A3215medium thermal0.342
3E1403medium thermal0.262
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 172 -
Rwork0.328 4332 -
obs--73.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.85957.35031.658513.18484.95568.4317-0.672-0.13540.10010.2041-0.3015-0.53280.4261-0.1680.9735-0.3209-0.0381-0.1281-0.29490.1303-0.284614.9551-16.977361.0062
22.00282.39090.18333.02490.7293.51590.3769-0.00590.49820.4174-0.23990.0459-0.3892-0.2031-0.137-0.0278-0.0406-0.0951-0.0940.04670.114718.53359.058660.5338
36.6887-10.8392.930317.635-6.526446.15-0.85281.95330.95551.03740.52263.5993-4.02320.1130.33020.2072-0.00090.1467-0.37160.3970.914120.558828.704148.5666
43.66841.7785-1.68882.0142-1.38361.6185-0.3148-0.0833-0.2858-0.4068-0.1304-0.42960.15730.3390.4451-0.25630.12020.1425-0.21320.091-0.175740.7461-3.442845.2638
51.8921-0.7839-1.54912.9831-4.85423.6544-0.30250.45960.56811.17620.4544-0.6955-0.4141-0.1788-0.1519-0.1453-0.0551-0.20870.07960.19480.088520.58868.654747.0301
64.23351.5141-1.8630.7535-0.9771.6747-0.30150.51590.2608-0.38510.2738-0.03760.1727-0.40620.0277-0.10680.03960.0241-0.10690.112-0.182831.35572.419338.4877
70.26180.5731-0.99948.54365.190411.2839-0.32720.60060.0915-0.96010.4786-0.64450.3788-0.6245-0.15130.1198-0.1650.02450.56390.17-0.29473.195237.3476-16.4374
81.5674-0.5897-3.22912.73370.69768.8689-0.09560.31110.0025-0.26890.173-0.2546-0.1732-0.3455-0.0773-0.2537-0.0148-0.03650.01350.0338-0.13583.426639.316410.0385
94.4015-2.631611.836820.3401-1.609633.42540.3212-0.3782-0.70590.87640.7591-0.81450.0502-0.6101-1.0803-0.3730.19060.0254-0.20490.065-0.19454.998929.118830.6647
102.30041.198-1.36691.5186-2.4424.15770.08850.63110.17830.38990.89520.763-0.7251-0.6143-0.98370.1724-0.01770.27950.02750.20680.0666-19.714228.44664.7494
113.5997-0.8296-4.13110.19120.9524.741-0.1951-0.00330.0104-0.24080.59770.0428-1.27650.0301-0.40260.0267-0.1335-0.02010.0328-0.0485-0.12271.329126.204811.3192
122.99381.5111-1.60352.1251-1.86821.68180.01480.5737-0.061-0.15660.46250.19870.0035-0.2545-0.47730.043-0.15250.09030.0463-0.0561-0.0964-11.119620.07378.8064
134.4922-0.1609-1.48553.9751-1.42471.11610.3939-0.14050.42690.5361-0.07170.3731-0.4771-0.2664-0.3222-0.0458-0.02130.0614-0.14890.0825-0.3214-8.2446-10.178573.4052
145.90980.079-0.01881.0161-1.40474.961-0.04630.75710.4838-0.1993-0.2471-0.45250.14930.14890.2933-0.07660.07110.2858-0.05130.38330.162527.89749.3066-13.8301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 1021 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1AF10531
3X-RAY DIFFRACTION1AE1090 - 10921 - 3
4X-RAY DIFFRACTION2AA290 - 397272 - 379
5X-RAY DIFFRACTION2AG13221
6X-RAY DIFFRACTION3AA417 - 430399 - 412
7X-RAY DIFFRACTION4AA103 - 28985 - 271
8X-RAY DIFFRACTION5AA398 - 416380 - 398
9X-RAY DIFFRACTION6AA431 - 615413 - 597
10X-RAY DIFFRACTION6AI15461
11X-RAY DIFFRACTION7BB19 - 1021 - 84
12X-RAY DIFFRACTION7BJ1090 - 10921 - 3
13X-RAY DIFFRACTION8BB290 - 397272 - 379
14X-RAY DIFFRACTION8BK13221
15X-RAY DIFFRACTION9BB417 - 430399 - 412
16X-RAY DIFFRACTION10BB103 - 28985 - 271
17X-RAY DIFFRACTION11BB398 - 416380 - 398
18X-RAY DIFFRACTION12BB431 - 615413 - 597
19X-RAY DIFFRACTION13EC323 - 5021 - 180
20X-RAY DIFFRACTION13EH13301
21X-RAY DIFFRACTION14FD323 - 5021 - 180
22X-RAY DIFFRACTION14FL13301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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