PDB-2aj6: Crystal structure of a putative gnat family acetyltransferase (mw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aj6

タイトル

Crystal structure of a putative gnat family acetyltransferase (mw0638) from staphylococcus aureus subsp. aureus at 1.63 A resolution

要素

hypothetical protein MW0638

キーワード

TRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein MW0638 from Staphylococcus aureus MW2 at 1.63 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aj6.cif.gz	40.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aj6.ent.gz	29.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aj6_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aj6_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	2aj6_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	2aj6_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/2aj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/2aj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4m1o-2 4pv6-13 4m21-2 4m1s-2 6mqt-3 6zd3-2 6t05-1 3gqe-2 4pv6-5 6yl9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358652

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein MW0638

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.058, 74.856, 90.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-177- HOH

#1: タンパク質	hypothetical protein MW0638 分子量: 19136.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: np_645455.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8NXQ8, UniProt: A0A0H3JUY4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.9 詳細: 0.2M MgSO4, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97934

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月5日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 1.5→28.87 Å / Num. obs: 17165 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
1.63-1.67	87.7	2.5	0.551	1.4	1098	0.551
1.67-1.72	94	2.9	0.465	1.6	1147	0.465
1.72-1.77	99.7	3.5	0.354	2.2	1204	0.354
1.77-1.82	100	3.7	0.31	2.4	1180	0.31
1.82-1.88	100	3.6	0.223	3.4	1137	0.223
1.88-1.95	100	3.6	0.163	4.4	1093	0.163
1.95-2.02	100	3.6	0.122	5.8	1063	0.122
2.02-2.1	100	3.7	0.1	6.9	1026	0.1
2.1-2.2	100	3.6	0.081	8.8	977	0.081
2.2-2.31	100	3.6	0.078	8.5	954	0.078
2.31-2.43	100	3.6	0.07	9.6	891	0.07
2.43-2.58	100	3.6	0.059	11.4	860	0.059
2.58-2.76	100	3.6	0.056	11.4	800	0.056
2.76-2.98	100	3.6	0.056	11.1	757	0.056
2.98-3.26	100	3.6	0.054	11.3	712	0.054
3.26-3.64	100	3.6	0.039	15.1	628	0.039
3.64-4.21	99.9	3.5	0.038	16	559	0.038
4.21-5.15	99.5	3.5	0.037	16.7	477	0.037
5.15-7.29	99.4	3.4	0.041	14.1	380	0.041
7.29-28.87	96.4	3.1	0.062	4.6	222	0.062

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.63→28.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.553 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.NO DENSITY OBSERVED FOR RESIDUES 119-147. 3.EXTRA DENSITY OBSERVED BETWEEN RESIDUES 87-92 HAS BEEN MODELED UNKNOWN LIGAND. HOMOLOGY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	830	4.8 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.183	-	-	-
obs	-	16334	98.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→28.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	980	0	15	122	1117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.931	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.215	3	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.383	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.896	24.615	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.472	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.146	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.304	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.142	3	649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.51	3	253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.909	5	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.513	8	465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.261	11	404

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	61	-
R_work	0.289	1034	-
obs	-	-	87.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.6567 Å / Origin y: 14.3597 Å / Origin z: 13.9026 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1576 Å²	0.0118 Å²	-0.0151 Å²	-	-0.1367 Å²	-0.0245 Å²	-	-	-0.1562 Å²
L	0.9834 °²	0.18 °²	0.63 °²	-	2.1993 °²	-1.2433 °²	-	-	3.5469 °²
S	0.0458 Å °	-0.0647 Å °	-0.0372 Å °	-0.1223 Å °	-0.0102 Å °	0.0537 Å °	0.0233 Å °	-0.0237 Å °	-0.0356 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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