PDB-2aiz: Solution structure of peptidoglycan associated lipoprotein from H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aiz

タイトル

Solution structure of peptidoglycan associated lipoprotein from Haemophilus influenza bound to UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine

要素

L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine
Outer membrane protein P6 (Fragment)

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / alpha-beta sandwich / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / cell division
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR

データ登録者

Parsons, L.M. / Lin, F. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Peptidoglycan recognition by pal, an outer membrane lipoprotein.
著者: Parsons, L.M. / Lin, F. / Orban, J.

履歴

登録	2005年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.0	2023年2月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aiz.cif.gz	827 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aiz.ent.gz	693.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aiz_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aiz_full_validation.pdf.gz	739.7 KB	表示
XML形式データ	2aiz_validation.xml.gz	83.7 KB	表示
CIF形式データ	2aiz_validation.cif.gz	94.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tgj-2 6e8r-2 2di8-d 2d7q-d 6e8r-1 6lsd-2 6xjf-4 5l0y-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HI0381

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

P: Outer membrane protein P6 (Fragment)

U: L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine

ヘテロ分子

15.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質

Outer membrane protein P6 (Fragment)

分子量: 14250.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: ompP6 / プラスミド: pet28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: M4PH67, UniProt: P10324*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine

分子量: 533.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 糖

ChemComp-AMU / N-acetyl-beta-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / BETA-N-ACETYLMURAMIC ACID

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₈

#4: 化合物

ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP

タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	3D 13C-separated NOESY
1	4	2	2D NOESY
1	5	3	3D 13C-separated NOESY
1	6	2	2D TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.8mM PAL + UYP; 15N/13C. 50mM phosphate 50mM NaCL, pH6.7, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.8mM PAL + UYP; 15N/13C. 50mM phosphate 50mM NaCL, pH6.7, 100% D2O	D2O
3	0.8mM PAL(unlabeled) + UYP(15N/13C). 50mM phosphate 50mM NaCL, pH6.7, 100% D2O	D2O
4	0.8mM PAL + UYP; 15N/13C. 50mM phosphate 50mM NaCL, pH6.7, phage, 90% H2O 10% D2O	90% H2O/10% D2O
5	1mM UYP 15N/13C, 100% D2O	D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50mM phosphate, 50mM NaCl	6.7	ambient	298 K
2	50mM phosphate, 50mM NaCl	6.7	ambient	298 K
3	50mM phosphate, 50mM NaCl	6.7	ambient	298 K
4	50mM phosphate, 50mM NaCl	6.7	ambient	298 K
5	50mM phosphate, 50mM NaCl	6.7	ambient	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	A.T.Brunger,P.D.Adams,G.M.Clore,W.L.Delano,P.Gros,R.W.Grosse-Kunstleve,J.-S.Jiang,J.Kuszewski,M.Nilges,N.S.Pannu,R.J.Read,L.M.Rice,T.Simonson,G.L.Warren	精密化
Sparky	2.4	T.D.Goddard,D.G.Kneller	データ解析
NMRPipe	1	F.Delaglio,S.Grzesiek,G.W.Vuister,G.Zhu,J.Pfeifer,A.Bax	解析

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)