+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aig | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ADAMALYSIN II WITH PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR POL647 | ||||||
要素 | ADAMALYSIN II | ||||||
キーワード | HYDROLAST/HYDROLASE INHIBITOR / ZINC PROTEASE / METALLOENDOPETIDASE / COMPLEX OF METALLOPROTEASE-INHIBITOR / HYDROLAST-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adamalysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Crotalus adamanteus (ヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / RIGID BODY / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Gomis-Rueth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Structures of adamalysin II with peptidic inhibitors. Implications for the design of tumor necrosis factor alpha convertase inhibitors. 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison ...タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison with Astacin, Collagenase and Thermolysin 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Kellermann, J. / Mayr, I. / Lee, X. / Huber, R. / Bode, W. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: First Structure of a Snake Venom Metalloproteinase: A Prototype for Matrix Metalloproteinases/Collagenases 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aig.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2aig.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2aig_validation.pdf.gz | 472.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2aig_full_validation.pdf.gz | 476.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2aig_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2aig_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/2aig | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#1: タンパク質 | 分子量: 23179.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crotalus adamanteus (ヘビ) / Secretion: VENOM / 組織: VENOM / 参照: GenBank: 547144, UniProt: P34179*PLUS, adamalysin |
---|
-非ポリマー , 5種, 169分子
#2: 化合物 | ChemComp-0GR / |
---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTIDASE ACTIVITY BY GLUTAMINE CYCLATION TO RENDER ...THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTI |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % |
---|---|
結晶化 | 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE |
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Kurecki, T., (1978) J. Biol. Chem., 253, 8340. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.8 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | モノクロメーター: NI-FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 11018 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 48.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 27819 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48.2 % / 冗長度: 1.6 % / Num. unique obs: 924 / Num. measured obs: 1486 / Rmerge(I) obs: 0.325 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY 開始モデル: NATIVE ADAMALYSIN II (PDB ENTRY 1IAG) 解像度: 2.6→7 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|