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万見
- PDB-2ahc: Chorismate lyase with inhibitor Vanilate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ahc
タイトルChorismate lyase with inhibitor Vanilate
要素Chorismate lyase
キーワードLYASE / unique fold / ubiquinone pathway / 123654 antiparallel sheet / internal active site
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate lyase / chorismate lyase activity / pyruvate biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate--pyruvate lyase / Chorismate lyase / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / Chorismate pyruvate-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Smith, N.N.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2006
タイトル: Structural analysis of ligand binding and catalysis in chorismate lyase
著者: Smith, N.N. / Roitberg, A.E. / Rivera, E. / Howard, A. / Holden, M.J. / Mayhew, M. / Kaistha, S. / Gallagher, D.T.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: MONOMERIC THIS ENTRY CONTAINS THE ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: MONOMERIC THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate lyase
B: Chorismate lyase
C: Chorismate lyase
D: Chorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2118
ポリマ－74,5424
非ポリマー6694
水2,144119
1
A: Chorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8032
ポリマ－18,6361
非ポリマー1671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8032
ポリマ－18,6361
非ポリマー1671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8032
ポリマ－18,6361
非ポリマー1671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chorismate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8032
ポリマ－18,6361
非ポリマー1671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.173, 58.560, 70.646
Angle α, β, γ (deg.)70.24, 67.40, 67.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細This entry contains 4 monomers. The monomer is the biological unit. Thus Chain A is one biol. unit.

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要素

#1: タンパク質
Chorismate lyase


分子量: 18635.557 Da / 分子数: 4 / 変異: C14S, C81S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ubiC / プラスミド: pse380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26602, chorismate lyase
#2: 化合物
ChemComp-VNL / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / vanillate / 4-ヒドロキシ-3-メトキシ安息香酸イオン


分子量: 167.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月8日
放射モノクロメーター: double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→12 Å / Num. all: 33651 / Num. obs: 33472 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 3873 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FW9

1fw9


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 999999 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 1091 3.8 %RANDOM
Rwork0.262 ---
all0.264 27664 --
obs0.262 27664 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2301 Å2 / ksol: 0.40114 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å20 Å2
2--3.98 Å20 Å2
3----2.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.32 Å
Luzzati d res low-12 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5260 0 48 119 5427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 157 4.1 %
Rwork0.281 4191 -
obs-4348 91.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3VNL.paramVNL.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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