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万見
- PDB-2ah6: Crystal structure of a putative cobalamin adenosyltransferase (bh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ah6
タイトルCrystal structure of a putative cobalamin adenosyltransferase (bh1595) from bacillus halodurans c-125 at 1.60 A resolution
要素BH1595, unknown conserved protein
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Corrinoid adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (10174212) from BACILLUS HALODURANS at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE THERE IS A CLONING ARTIFACT AT RESIDUE 42 IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE. THE DENSITY ...SEQUENCE THERE IS A CLONING ARTIFACT AT RESIDUE 42 IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE. THE DENSITY FOR THIS RESIDUE IN EACH MONOMER SUGGESTS THAT IT IS SERINE AND NOT LEUCINE. SEQUENCING OF THE CONSTRUCT CONFIRMED THAT THIS RESIDUE IS SERINE IN THE EXPRESSED PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH1595, unknown conserved protein
B: BH1595, unknown conserved protein
C: BH1595, unknown conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4689
ポリマ－72,0963
非ポリマー3726
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.610, 84.380, 113.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
71A
81B
91C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEUAA24 - 7636 - 88
21ASPASPLEULEUBB24 - 7636 - 88
31ASPASPLEULEUCC24 - 7636 - 88
42PROPROGLUGLUAA83 - 10495 - 116
52PROPROGLUGLUBB83 - 10495 - 116
62PROPROGLUGLUCC83 - 10495 - 116
73LEULEUGLUGLUAA108 - 180120 - 192
83LEULEUGLUGLUBB108 - 180120 - 192
93LEULEUGLUGLUCC108 - 180120 - 192

-
要素

#1: タンパク質 BH1595, unknown conserved protein


分子量: 24031.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 遺伝子: 10174212 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KCH6
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.9
詳細: 0.2M K2NO3, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.9 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月3日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 68629 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.985
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
1.6-1.6399.93.60.59134261.0621
1.63-1.661003.60.50733521.0551
1.66-1.6999.93.60.45433980.9931
1.69-1.7299.93.60.40334250.9551
1.72-1.761003.70.3533400.9821
1.76-1.81003.70.334031.0821
1.8-1.851003.70.25634251.0881
1.85-1.91003.70.21233740.9171
1.9-1.951003.70.18234100.9421
1.95-2.021003.70.15134091.0521
2.02-2.091003.70.13334210.9471
2.09-2.171003.70.11134270.9491
2.17-2.271003.70.09834160.9181
2.27-2.391003.70.08934251.0611
2.39-2.541003.70.08534291.0521
2.54-2.741003.70.0834760.9731
2.74-3.0199.93.70.06834630.911
3.01-3.451003.70.05534941.0221
3.45-4.3499.73.70.04335200.9591
4.34-5096.93.50.0335960.7791

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTY

1rty


解像度: 1.6→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.003 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1)HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2)SIGNIFICANT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY OF UNKNOWN ORIGIN IS ADJACENT TO A106 IN THE MODEL. 3)THREE NITRATE ANIONS FROM THE ...詳細: 1)HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2)SIGNIFICANT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY OF UNKNOWN ORIGIN IS ADJACENT TO A106 IN THE MODEL. 3)THREE NITRATE ANIONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3503 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.152 ---
obs-65054 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 24 549 4308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9655270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87438297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7825489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91623.586198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83915654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2081538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.23858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.22006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.93932457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.543976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.82353866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.49781575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.381111397
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2101 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.645
2BLOOSE POSITIONAL1.055
3CLOOSE POSITIONAL0.615
1ALOOSE THERMAL2.1810
2BLOOSE THERMAL2.410
3CLOOSE THERMAL2.1310
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 280 -
Rwork0.248 4767 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34440.0821-0.42241.50260.61361.9203-0.0083-0.0821-0.09020.2814-0.05030.07470.12950.01330.0586-0.16070.00190.0176-0.1552-0.0117-0.187220.23974.44222.411
21.0607-0.0935-0.36971.27880.10861.4451-0.021-0.0102-0.0470.02530.015-0.1182-0.0570.12660.006-0.2111-0.01530.009-0.1383-0.0341-0.192438.57273.8986.997
31.35960.0366-0.39651.75470.14231.36930.1168-0.07670.22070.0133-0.011-0.028-0.27050.0353-0.1058-0.09010.00630.0299-0.152-0.0214-0.159329.00596.65114.426
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA24 - 7636 - 88
21AA83 - 18095 - 192
32BB19 - 18031 - 192
43CC23 - 18435 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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