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- PDB-2agz: Crystal structure of the carbinolamine intermediate in the reduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2agz
タイトルCrystal structure of the carbinolamine intermediate in the reductive half-reaction of aromatic amine dehydrogenase (AADH) with tryptamine. F222 form
要素(Aromatic amine dehydrogenase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aralkylamine dehydrogenase (azurin) / aralkylamine dehydrogenase (azurin) activity / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1S)-1-AMINO-2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANOL / Aralkylamine dehydrogenase light chain / Aralkylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Masgrau, L. / Roujeinikova, A. / Johannissen, L.O. / Hothi, P. / Basran, J. / Ranaghan, K.E. / Mulholland, A.J. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Atomic description of an enzyme reaction dominated by proton tunneling
著者: Masgrau, L. / Roujeinikova, A. / Johannissen, L.O. / Hothi, P. / Basran, J. / Ranaghan, K.E. / Mulholland, A.J. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Aromatic amine dehydrogenase
H: Aromatic amine dehydrogenase
A: Aromatic amine dehydrogenase
B: Aromatic amine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5498
ポリマ－109,0664
非ポリマー4834
水23,1311284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
2
D: Aromatic amine dehydrogenase
H: Aromatic amine dehydrogenase
A: Aromatic amine dehydrogenase
B: Aromatic amine dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Aromatic amine dehydrogenase
H: Aromatic amine dehydrogenase
A: Aromatic amine dehydrogenase
B: Aromatic amine dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Aromatic amine dehydrogenase
H: Aromatic amine dehydrogenase
A: Aromatic amine dehydrogenase
B: Aromatic amine dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Aromatic amine dehydrogenase
H: Aromatic amine dehydrogenase
A: Aromatic amine dehydrogenase
B: Aromatic amine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,19732
ポリマ－436,26416
非ポリマー1,93316
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area53670 Å2
ΔGint-593 kcal/mol
Surface area119660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.913, 157.337, 267.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-301-

ZN

21D-369-

HOH

31A-547-

HOH

41A-942-

HOH

51B-671-

HOH

詳細The asymmetric unit contains the biological unit (heterotetramer)

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要素

#1: タンパク質 Aromatic amine dehydrogenase


分子量: 14516.898 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 48-182 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: IFO 14479 / 参照: UniProt: P84887, EC: 1.4.99.4
#2: タンパク質 Aromatic amine dehydrogenase


分子量: 40016.125 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 73-433 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: IFO 14479 / 参照: UniProt: P84888, EC: 1.4.99.4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TSC / (1S)-1-AMINO-2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANOL


分子量: 176.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000 MME, ammonium sulphate, sodium cacodylate, tryptamine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 154579 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.9999精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.16 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 7744 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
all0.144 ---
obs0.144 154324 93.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7350 0 28 1284 8662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.92910309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.916315337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9955950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45724.097349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3151207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.711544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.27095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.24353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1490.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5784.55967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6744.51945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.94267612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73293396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.129122691
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.241 554
Rwork0.194 10978
all-11532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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