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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2agk | ||||||
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タイトル | Structure of S. cerevisiae His6 protein | ||||||
![]() | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TIM alpha/beta barrel / Structural Genomics / S. cerevisiae structural genomics project / Paris-Sud Yeast Structural Genomics / YSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tilbeurgh, H.V. / Paris-Sud Yeast Structural Genomics (YSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the yeast His6 enzyme suggests a reaction mechanism 著者: Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Graille, M. / Blondeau, K. / Janin, J. / Tilbeurgh, H.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is the monomer of the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29465.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: YIL020c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40545, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, sodium citrate, MgCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→20 Å / Num. all: 293459 / Num. obs: 270881 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.3 Å / % possible obs: 88.1 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. measured obs: 28819 / Num. unique obs: 7572 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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