PDB-2ag1: Crystal structure of Benzaldehyde lyase (BAL)- SeMet

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ag1

タイトル

Crystal structure of Benzaldehyde lyase (BAL)- SeMet

要素

benzaldehyde lyase

キーワード

LYASE / ThDP dependent fold / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Mosbacher, T.G. / Mueller, M. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structure and mechanism of the ThDP-dependent benzaldehyde lyase from Pseudomonas fluorescens
著者: Mosbacher, T.G. / Mueller, M. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2005年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ag1.cif.gz	816.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ag1.ent.gz	704 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ag1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ag1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ag1_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2ag1_validation.xml.gz	83.7 KB	表示
CIF形式データ	2ag1_validation.cif.gz	114.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/2ag1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/2ag1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ag0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iae-1 3d7k-1 2uz1-d 3iaf-d 4qpz-1 2ag0-d 5dx6-1 4qq8-d 2q27-1 5wdg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: benzaldehyde lyase

B: benzaldehyde lyase

C: benzaldehyde lyase

D: benzaldehyde lyase

ヘテロ分子

240 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.165, 150.165, 195.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 555 / Label seq-ID: 3 - 555

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

詳細

the biological assembly is a tetramer which is respresented by the contains of the assymtetric unit (Chains A, B, C, D)

#1: タンパク質	benzaldehyde lyase 分子量: 59585.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: puc18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 prep4 参照: GenBank: 9965498, UniProt: Q9F4L3*PLUS, EC: 4.1.2.38
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) 分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 200, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, Hamburg

/ ビームライン: BW7A / 波長: 0.9793, 0.9801, 0.9393

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月14日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9801	1
3	0.9393	1

反射

解像度: 2.5→35 Å / Num. all: 157089 / Num. obs: 156247 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.7 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.58→24.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 23.323 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / ESU R: 0.749 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24496	4037	5 %	RANDOM
R_work	0.2116	-	-	-
all	0.214	82005	-	-
obs	0.21328	76469	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.673 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.53 Å²	0.77 Å²	0 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→24.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16296	0	112	400	16808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	16736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.961	22840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.238	5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.318	23.795	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.01	15	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.326	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	8473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	11446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.299	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.472	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.33	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.401	1.5	11139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.462	2	17408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.419	3	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.623	4.5	5432
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4074 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.05	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
3	C	tight positional	0.05	0.05
4	D	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.1	0.5
2	B	tight thermal	0.11	0.5
3	C	tight thermal	0.12	0.5
4	D	tight thermal	0.12	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.646 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	306	-
R_work	0.281	5531	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2144	-0.5022	1.0883	0.9101	-0.4091	2.2758	-0.2302	-0.7401	-0.2916	0.0703	0.4019	0.3296	-0.32	-1.1985	-0.1718	-0.1206	0.2723	0.0684	0.5334	0.1821	-0.0379	-0.055	59.375	45.758
2	1.6766	-0.1963	1.2647	0.9438	-0.3234	2.6173	-0.261	-0.9284	-0.1378	0.2776	0.4059	0.1845	-0.377	-1.1182	-0.1449	-0.089	0.3351	0.1235	0.6317	0.1765	-0.0976	21.436	52.212	74.663
3	1.3647	-0.6123	0.5653	1.2483	-0.5482	2.2977	0.1577	-0.1155	-0.3251	-0.0956	-0.02	0.0295	0.5624	0.1224	-0.1377	-0.0932	0.0976	-0.0227	-0.1767	0.0548	-0.0747	46.165	31.14	49.138
4	1.402	-0.6998	0.635	0.956	-0.4584	1.8647	0.1622	0.2301	-0.0591	-0.2074	-0.1097	0.0648	0.124	0.048	-0.0525	-0.1304	0.0866	-0.0128	-0.1812	-0.0329	-0.194	32.084	50.621	21.247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 555	3 - 555
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 555	3 - 555
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 555	3 - 555
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 555	3 - 555

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関連情報:EMDBヘッダ

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