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- PDB-2afb: Crystal structure of 2-dehydro-3- deoxygluconokinase (EC 2.7.1.45... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2afb
タイトルCrystal structure of 2-dehydro-3- deoxygluconokinase (EC 2.7.1.45) (tm0067) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.05 A resolution
要素2-keto-3-deoxygluconate kinase
キーワードTRANSFERASE / tm0067 / 2-dehydro-3- deoxygluconokinase / pfkB family carbohydrate kinase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / : / 2-keto-3-deoxygluconate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of 2-keto-3-deoxygluconate kinase (TM0067) from Thermotoga maritima at 2.05 A resolution.
著者: Mathews, I.I. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, ...著者: Mathews, I.I. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / McPhillips, T.M. / Morse, A.T. / Quijano, K. / Rife, C.L. / Schwarzenbacher, R. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2006年2月28日ID: 1J5V
改定 1.12007年12月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
B: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,48412
ポリマ－78,9712
非ポリマー51210
水7,098394
1
A: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
B: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
ヘテロ分子

A: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
B: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
ヘテロ分子

A: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
B: 2-keto-3-deoxygluconate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,45136
ポリマ－236,9146
非ポリマー1,53730
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area17170 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area65600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.993, 120.993, 260.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

NI

21A-343-

CA

31B-341-

NI

41B-343-

CA

51A-347-

HOH

61A-543-

HOH

71B-349-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 0 - 330 / Label seq-ID: 12 - 342

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 2-keto-3-deoxygluconate kinase


分子量: 39485.668 Da / 分子数: 2 / 変異: 2.7.1.45 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0067 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15642842, UniProt: Q9WXS2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7
詳細: 50.0% PEG-200, 0.1M Tris pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979413, 0.904964, 0.979150
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794131
20.9049641
30.979151
反射解像度: 2.05→49.69 Å / Num. obs: 45533 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value% possible all
2.05-2.1689.92.80.3811.959870.38189.9
2.16-2.2998.23.90.3311.462300.331
2.29-2.451005.10.2023.559610.202
2.45-2.651005.10.1375.155870.137
2.65-2.91005.10.095751400.095
2.9-3.241005.10.0817.146610.081
3.24-3.7410050.0668.641470.066
3.74-4.5810050.04911.635150.049
4.58-6.4899.94.90.0461127530.046
6.48-49.6997.94.60.0412.415520.04

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
CCP4位相決定
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.167
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NI SITES WERE ASSIGNED BASED ON ANOMALOUS PEAK HEIGHT, GEOMETRY, AND B-FACTORS. OTHER METALS COULD BE BOUND BUT NI IS MOST PROBABLE. THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NI SITES WERE ASSIGNED BASED ON ANOMALOUS PEAK HEIGHT, GEOMETRY, AND B-FACTORS. OTHER METALS COULD BE BOUND BUT NI IS MOST PROBABLE. THE ASSIGNMENT OF CA SITES 7 AND 9 IS BASED ON GEOMETRY, B-FACTOR, AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER PEAK HEIGHT. CA SITE 8 AND 10 WERE ASSIGNED BASED ON A SIMILAR ANOMALOUS PEAK HEIGHT AND B-FACTOR. SITE 8 COULD ALSO BE ANOTHER METAL (ZN OR NI) AT LOWER OCCUPANCY. MISSING RESIDUES in Chain A ARE 210-216 AND 332-339, WHILE MISSING RESIDUES IN Chain B ARE 211-216 AND 332-339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1069 2.3 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.177 ---
obs0.177 44437 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 10 394 5444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9436981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835310815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36323.568227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11215826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2391529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.24568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4150.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.350.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.3480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.20233351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.70831344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97455178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.30682094
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.783111803
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4760 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.310.5
MEDIUM THERMAL1.062
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 142 -
Rwork0.254 2836 -
obs--87.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8091-0.2414-0.19170.87840.18521.28270.01550.0941-0.0586-0.14090.076-0.13690.11510.1508-0.0915-0.10580.01240.0103-0.0903-0.0564-0.077482.566720.99212.6489
20.6155-0.039-0.01431.30820.64211.8851-0.0153-0.15160.10920.27740.1984-0.2803-0.07030.3453-0.1831-0.056-0.0011-0.0503-0.0244-0.097-0.038181.844949.783836.8975
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-4 - 3318 - 343
22BB0 - 33112 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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