PDB-2aej: Crystal Structures of the MthK RCK Domain in no Ca2+ bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aej

タイトル

Crystal Structures of the MthK RCK Domain in no Ca2+ bound form

要素

Calcium-gated potassium channel mthK

キーワード

metal transport / membrane protein / Rossmann fold / helix-turn-helix / flexible interface / bilobed architecture

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Dong, J. / Shi, N. / Berke, I. / Chen, L. / Jiang, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structures of the MthK RCK Domain and the Effect of Ca2+ on Gating Ring Stability
著者: Dong, J. / Shi, N. / Berke, I. / Chen, L. / Jiang, Y.

履歴

登録	2005年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aej.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aej.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aej_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aej_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	2aej_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	2aej_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/2aej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aefC 2aemC 1lnqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l75-3 3kxd-d 4l75-2 4l76-1 4l73-d 4l76-3 3rbx-1 2aef-d 2aem-1 4l75-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (10) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Calcium-gated potassium channel mthK

B: Calcium-gated potassium channel mthK

51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.900, 38.167, 96.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calcium-gated potassium channel mthK 分子量: 25914.584 Da / 分子数: 2 / 断片: isoform Soluble / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O27564
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 4000, Ammonium formate, sodium acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 24990 / Num. obs: 24915 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique all: 2427 / R_sym value: 0.384 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1LNQ

1lnq

解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2447	1250	-	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.21	24907	99.7 %	-
all	-	25014	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3397	0	0	290	3687

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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