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万見
- PDB-2adm: ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2adm
タイトルADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
要素ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
キーワードMETHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / RESTRICTION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. ...Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Type II methyltransferase M.TaqI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schluckebier, G. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Differential binding of S-adenosylmethionine S-adenosylhomocysteine and Sinefungin to the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI.
著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Universal Catalytic Domain Structure of Adomet-Dependent Methyltransferases
著者: Schluckebier, G. / O'Gara, M. / Saenger, W. / Cheng, X.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1995
タイトル: A Model for DNA Binding and Enzyme Action Derived from Crystallographic Studies of the TaqI N6-Adenine-Methyltransferase
著者: Schluckebier, G. / Labahn, J. / Granzin, J. / Schildkraut, I. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Adenine-Specific DNA Methyltransferase M.Taq I in Complex with the Cofactor S-Adenosylmethionine
著者: Labahn, J. / Granzin, J. / Schluckebier, G. / Robinson, D.P. / Jack, W.E. / Schildkraut, I. / Saenger, W.
履歴
登録1996年7月15日処理サイト: BNL
置き換え1997年1月27日ID: 1ADM
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
B: ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6594
ポリマ－95,8622
非ポリマー7972
水1,69394
1
A: ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3302
ポリマ－47,9311
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3302
ポリマ－47,9311
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.660, 141.830, 53.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99979, 0.02029, -0.00367), (-0.02031, -0.99979, 0.00366), (-0.0036, 0.00373, 0.99999)
ベクター: 40.21, 77.79, 26.47)

-
要素

#1: タンパク質 ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI


分子量: 47931.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-ADENOSYL-METHIONINE AS LIGAND / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: TAQ / プラスミド: PPR594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER1821
参照: UniProt: P14385, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.00065 mMM.TaqI1drop
21 mMSinefungin1dropcan be replaced by AdoHcy
30.1 mMduplex oligonucleotides1drop
4200 mM1dropNaCl
520 mMTris-HCl1drop
62-6 %PEG60001reservoir
7100 mM1reservoirNaCl
820 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 37305 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 220712

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 -
Rwork0.214 -
obs0.214 30150
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6246 0 54 94 6394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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