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万見
- PDB-2acy: ACYL-PHOSPHATASE (COMMON TYPE) FROM BOVINE TESTIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2acy
タイトルACYL-PHOSPHATASE (COMMON TYPE) FROM BOVINE TESTIS
要素ACYLPHOSPHATASE
キーワードACYLPHOSPHATASE / PHOSPHORIC MONOESTER HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acylphosphatase / acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits ...Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Thunnissen, M.M.G.M. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of common type acylphosphatase from bovine testis.
著者: Thunnissen, M.M. / Taddei, N. / Liguri, G. / Ramponi, G. / Nordlund, P.
履歴
登録1996年11月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYLPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3264
ポリマ－11,0991
非ポリマー2283
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.200, 36.200, 45.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ACYLPHOSPHATASE / ACP


分子量: 11098.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: TESTIS / 参照: UniProt: P41500, acylphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 3.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG8000 OR 4000, 25 MM ACETATE BUFFER PH 3.5, 0.2 M AMMONIUM-SULFATE
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mMacetate1reservoir
230 %PEG40001reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 8949 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 36.98
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 10.52 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 41285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
MLPHARE位相決定
TNT5E精密化
MARXDSデータ削減
MARSCALEデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→15 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO (ENGH & HUBER)
詳細: REFINED WITH FREE SET UNTIL CONVERGENCE OCCURRED, THEN REFINED WITH ALL DATA TO FINAL R-FACTOR.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 905 10 %
Rwork0.179 --
all0.17 9119 -
obs0.17 9119 95 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 158.1 Å2 / ksol: 0.697 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数784 0 11 75 870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018161.2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.710980.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.94790
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009243
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0111310
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.48005
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0321818
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.90
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0093
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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