PDB-2aby: Solution structure of TA0743 from Thermoplasma acidophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aby

タイトル

Solution structure of TA0743 from Thermoplasma acidophilum

要素

hypothetical protein TA0743

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / helix-turn-helix

機能・相同性

Uncharacterised protein PF09406, DUF2004 / Protein of unknown function DUF2004 / Protein of unknown function (DUF2004) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Kim, B. / Jung, J. / Hong, E. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: NMR structure of the conserved novel-fold protein TA0743 from Thermoplasma acidophilum.
著者: Kim, B. / Jung, J. / Hong, E. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.

履歴

登録	2005年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aby.cif.gz	923.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aby.ent.gz	785 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aby_validation.pdf.gz	344.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aby_full_validation.pdf.gz	513.4 KB	表示
XML形式データ	2aby_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	2aby_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2aby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2aby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ky3-d 3a0x-d 4gdz-d 5jvt-1 6v8j-1 3iif-2 5jvt-2 5jvt-3 5ybd-1 3kbe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein TA0743

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	hypothetical protein TA0743 分子量: 17398.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HK62

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 1.6mM TA0743 U-15N,13C,15N/13C 50mM Potassium phosphate buffer ,NaN3,90% H20,10% D20 溶媒系: 90% H20,10% D20
試料状態	イオン強度: no salt / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	2
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio	解析
Sparky	3.11	Goddard and Kneller	データ解析
MARS	1.1	Jung and Zweckstetter	データ解析
CYANA	2	Herrmann	構造決定
CYANA	2	Herrmann	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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